【ImageJ/Fiji】マージして作製したTIFF画像を、目的のカラーで見えるようにする
Fijiで作製したmerge画像をTiffで保存した場合、viewerなどで見ると疑似カラー等が消え、各チャネルがstack画像として保存される。 このままだと目的のmerge画像には見えないので、これはこれで保存しておき、別に目的の色に見えるような画像形式で保存している。 方法はいくつかある。 JPEGにするのも一つの方法だけど、私はRBGカラーでTIFF保存にしている。 目的のカ […]
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【ImageJ/Fiji】ホワイトバランスをとる方法
顕微鏡写真を撮影するときに、予めホワイトバランスをとることは基本ですが、 中には後から見直して、 「あれ？ホワイトバランスとったつもりだったけど……なんか変。」 となる事も…… 私の場合、今まで使い慣れていた顕微鏡だったら問題ないですが、 最近使用した czi ファイルを Fiji で開くと 「なんか彩度がおかしい……」 という事がありました。 photoshop だっ […]
【ImageJ/Fiji】マクロ作成
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Macroの作成 Plugins→Macros→Recordを選択し、その状態で上記プログラムを実行していく。 Recorderの中のCreateを押す。 ijm画面が出てくるので、必要があれば編集し、File→Save asを選択する。 ファイル名.txtで、app→Plugins→ […]
【ImageJ/Fiji】Colocalization算出（Striatum, spine markers）
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Colocalization Assay 1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。 2. Rectangleで、vesselsやStriosomesをよけるように選択し、 Image → Crop → Save as → T […]
【ImageJ/Fiji】Striatum の Spine density のカウント
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Spine DensityのCount（cell countにも使える） Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : Grayscaleにし、Split channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、v […]
【ImageJ/Fiji】StriatumのSpineのIntensityの求め方
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Intensityの求め方 Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : GrayscaleにしSplit channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、vesselsやStriosomesをよけるように […]
【ImageJ/Fiji】Representative image作成
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Representative Imageの作り方 1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。 Split channelsに☑をいれておく。 2. Image → Color → Merge Channels 3. 見せたい色のとこ […]
【ImageJ/Fiji】スケールバーを表示
ImageJ/Fijiでスケールバーを表示する方法。 ……高性能の顕微鏡で撮影した画像には、たいていスケールの情報が入っているので、まずはそちらから。 スケール情報を表示 通常の場合 Fijiで画像を開く> Analyze > Tools > Scale bar… スケールバーの表示方法を設定（長さ、太さ、色、フォントetc.） Width in µm: 横方向のバ […]