【Rで作図】特定のグループ毎に固めて表示する方法
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例えば、Tgマウス（例はPdと記載）とWTマウスの解析で、 １つのグラフ内でオス（M）とメス（F）毎に固めて表示 Region（Ipsi-Hipp, Ipsi-Ctx, Cont-Hipp, Cont-Ctx）毎に複数の […]
「R」の記事一覧
【RStudio】デフォルトの作業ディレクトリを変更
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デフォルトの作業ディレクトリは、最初は上の階層に設置されている。 この作業ディレクトリの初期設定を、任意の場所に変更したい場合の覚え書き。 ついでに、現在の作業ディレクトリの場所の確認方法と、その場所を変更する方法も紹介 […]
【RStudio】テーマを変更
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RStudioの画面は、デフォルトでは白いバックグラウンドになっている これを、私の好きなDark colorに変更する方法 1. Tools -> Global Options -> Appe […]
【Rで作図】バイオリン・プロット（Violin plot）
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データをグラフにするとき、 「これのデータは バイオリン プロット で表すのが最適。」 と思う時があります。 今回は、それを R で作るときの備忘録。 ggplot2 のインストール ggplot2 は、“The Gra […]
【Rデータ整理】データフレームの最初の行、ディメンジョン、構造を確認する：head／dim／str
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テーブルデータを取り込んだ後は、最初の6行、ディメンジョン、概要などを確認する。 データの取り込み 例えば、 コンソールに下記入力してデータを取り込む。 例えば、Dドライブにある"data.csv"というファイルを取り込 […]
【Rで統計】McNemar検定
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COVID19による在宅勤務継続中…… 自宅の顕微鏡でコツコツ見てきたデータを元に、ある病理分布のステージングを作ったのですが、 オンラインミーティングで、 「そのステージングの信頼性を示す統計が必要。」 と言われました […]
【Rで統計】オッズ比、P値、信頼区間
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前回に引き続き、統計の備忘録。 例えば、カテゴリカル変数のXとYというデータの相関、オッズ比（超幾何分布による最尤推定値）、 95% 信頼限界などは、カイ二乗検定 odds.ratio() やフィッシャーの […]
【Rで統計】ロジスティック回帰分析
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デスクワークをしながら、久しぶりにRを開きました。 私は最初、「言語さえ理解できれば応用が利く」と思って、統計にはRを利用していたのですが、周りの同僚達は皆、ラボが購入している統計ソフトを使っているので、最近はRから少し […]