【Rベーシック】データの取り込み
エクセルのデータ etc. を R にインポートする方法。 csv ファイル etc. の取り込み エクセルデータは基本 csv ファイルで保存し、R に取り込む。 CSV ファイル CSV ファイルは、「comma Separated Value」の略。 カンマ（,）で区切った値、という意味。 csvファイルは相互性が高く、Excel、メモ帳、メールソフト、データベースなどほとんどのソフトに取り […]
MONTH
2021年6月
DIAN-TU: ガンテネルマブとソラネズマブの臨床試験の結果
家族性アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の患者さんを対象に、薬剤の治療効果を観察する DIAN-TU 研究で、 ガンテネルマブ (Gantenerumab) ソラネズマブ (Solanezumab) の4-7年間の観察結果が報告されました [1]。 結果だけみるとネガティブなんですが、バイオマーカーは下がったところもあるよう……アデュカヌマブと似てま […]
Visual Studio Code で R の実行環境を整える
RStudio は、R の IDE として大変使いやすいけれど、マルチカーソルがちょっと使いづらい…… とゆーことで、VSCode で R を動かせるように設定した時の備忘録。 必要なインストール類は下記。 ＜必須＞ R Visual Studio Code VS Code 拡張機能：R (by Yuki Ueda) ＜入れるべき＞ VS Code 拡張機能：R LSP Client (by RE […]
【VS Code】複数のPC間で設定・スニペット・拡張機能 etc. を同期する
VS Code Ver.1.48 でリリースされた、公式の設定同期機能「Settings Sync」が凄く使いやすいと思ったので、書き留めておきます。 VS Code 「Settings Sync」で必要なもの 端末 VS Code GitHub か Microsoft のアカウント 以上。 同期が可能なもの 2021年6月の時点で同期可能なものは、 設定 キーボードショートカット ユーザースニペ […]
Klotho-VSヘテロを持つ人達は、Aβ依存的タウの沈着および認知機能低下が少ない。
昨年、寿命に関わる膜タンパク Klotho遺伝子 の、F352V (rs9536314) とC370S (rs9527025) の二つのミスセンス変異をヘテロで持つ人達（Klotho-VShet）はアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) になりにくいという論文を紹介しましたが[1] 、 今回、ドイツ・ミュンヘン大学の Dr. Neiuzel、Dr. Ewe […]
【R Markdownトラブルシュート】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argument) 検索すると、同じエラーで困っている人達の投稿が…… 解決策の一つに、ディレクトリをクラウドからローカルに移すことを推奨。 ……最近、職場と自宅と両方で R を使う必要があ […]
【PowerPoint】デフォルトのテーマとデザインを設定しておく方法
パワーポイントでプレゼン資料を作る時、私は毎回同じ設定で作っている。 で、最初にパワーポイントを開いたときから、その設定にして置いたほうが手間が少なく便利なので、私は自分用テンプレートを作って毎回それを利用している。 以下、その方法。 PPTを開き、いつものデザイン設定を行う PPTのテーマを設定 １．PPTを開いて、「Alt → G」もしくは、上のデザインタブから任意のテーマを選ぶ。 スライドマ […]
Biogen のタウ抗体（Gosuranemab）の治験結果は「効果なし」
「アデュカヌマブ」が初めてのアミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) 抗体としてFDAの限定承認を受け、良くも悪くも注目されている Biogen ですが、 もちろん、他のアプローチによるアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) 治療についても続々と薬を開発しており、 どんどん臨床試験を進めています。 先日は、タウ抗体「ゴスラネマブ ( […]
【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定）
Demographics を Table で出す時、 正規分布していたら 平均値と標準偏差（standard devision, SD） 正規分布していなかったら 中央値と四分位範囲（inter quartile range, IQR） で記載する。 他、統計で各群を比較する際にも、 正規分布している：パラメトリック検定 正規分布していない：ノンパラメトリック検定 対応なし 対応あり 対応なし 対 […]
【Word】共著者とのやりとりに欠かせない Word 機能：「校閲」と「比較」
論文の原稿を書いて、共著者に見てもらいたい時、「校閲」機能を使っている人は多いと思います。 この機能のおかげで、共著者達がどこを修正したのか、ひと目でわかるようになり、 修正した方がよいかオリジナルの文書の方がよいかなども簡単に選べるので、大変ありがたいです。 ただ、複数の共著者に一度に原稿を送り、それぞれが別々の箇所を修正してきた場合、校閲機能だけだとちょっと大変…… そんな時は、 […]
タウワクチン「AADvac1」の第二相試験の結果
アデュカヌマブのFDA限定承認で注目を集める、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の免疫療法ですが、 もちろん、アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) だけでなく、もう一つの AD 主要病理であるタウに対する免疫療法（ワクチン、抗体療法）もどんどん開発され、続々と臨床試験が行われています。 今回、Axon Neuroscience SE社が […]
【RStudio】パッケージを読み込めないとき
先日、今まで普通につかえていた R Markdown ドキュメントを開いて Knit しようとしたら、途中でエラー表示がでました。 内容は、「tidyverseがインストールされていない」というもの。 Error in library(tidyverse) : there is no package called ‘tidyverse’ 「あれ？」と思って、tidyverse を再インストールする […]
【Photoshop】「別名で保存」が「JPEG」でできなくなった件
ある日、Photoshop をアップデートしたら、JPEGで保存ができなくなった。 保存形式の選択肢は、 PSD PSB PDF TIF の4種類に激減…… 困って調べると、下記にその理由と対処法が載っていた……ありがたし！ JPEG で保存ができなくなった経緯 5月のアップデートで、画像に透過情報が含まれるだけで、JPEG が選択できなくなってしまったらしい。 従来の「別名で保存」を実行した場合 […]
外傷による核細胞質間輸送の障害がTDP-43病理を引き起こす
「頭部外傷 (traumatic brain injury, TBI) 」には、 一回の強い外傷によって生じる頭部外傷 複数回の慢性的な外傷によって生じる脳障害 に分けられます。 後者の中に、「慢性外傷性脳症 (chronic traumatic encephalopathy, CTE) 」も分類されます。 CTE は、複数回の頭部外傷後に進行性の認知機能低下を生じる神経変性疾患です [1]。 ボ […]
【Excel】フィルター & ソート（並べ替え）機能
今更だけど、エクセルのフィルターとソート機能って便利だな－と思うので、必要な誰かのために記録。 フィルターで要らない行を隠す 例えば下記データがあって、”D: FreezerLocation” が空欄の行は使わない場合 ▼ 必要なセルを選択した状態で、Ctrl + Shift + L もしくは、リボンから Data > Filter でフィルター機能をO […]
ニューロンのAPOEは免疫系を介してアルツハイマー病の神経障害に寄与する
アポリポタンパクE (Apolipoprotein E, APOE) は、孤発性アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の最大のリスク多型ですが、その多くはアストロサイトから分泌されます [1]。 以前、アストロサイト由来のAPOEがAD病理に与える影響について取り上げました [2, 3]。 でも、ニューロンから極わずかに分泌されているAPOEも、ADの病 […]
【Rベーシック】データ構造とデータ型
データ構造とデータ型の覚え書き。 データ構造 データ構造とは データ構造とは、データがどのように入っているのかを定めるもの。 Rでは５種類のデータ構造がある。 ベクトル (Vector) 行列 (Matrix) 配列 (Array) リスト (List) データフレーム (Data Frame) ベクトル (Vector) vector は１次元ベクトルとして値を格納する。 １つの vector […]
【Excel】空行を一括削除する方法
先日同僚から、下記のように１行空きの状態の Excel データが送られてきた。 このまま R に取り入れるんだったら問題ないんだけど、今回は Excel のままで作業するために、空行を削除。 1,2行の場合：”Ctrl + – “ 1,2行だったら、普通に「Ctrl + -」で行削除すればいい。 ……けど、今回は1000行近くあったので、これだと時間と労力がかか […]
将来アルツハイマー病になるかどうか、凄い精度で診断するツール
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のバイオマーカーは年々進化していっているように感じています。 私が修練医だった頃は、髄液中Aβ42/40比の有用性は報告されていたものの、たいていは神経診察と脳MRI、SPECTやFDG PETくらいで診断していました。 今では、アミロイドPETに加えてタウPETが登場し、近年は髄液中ではなく血漿のリン酸化タウが測定 […]
サイトスピードの向上：Google PageSpeed Insights で100点をとるまでの軌跡
去年の夏、サイトスピードが遅いという警告があり、PageSpeed Insights で確認したら、 モバイル: 17 デスクトップ: 56 というひどい状況だった。 「なんとかせねば」と思い、ウェブ上で地道に調べて修復していった。 その方法で88点くらいまでには改善したけれど、それ以上はなかなか素人では難しかったので、 最後はプロの人に相談し、最終的に モバイル: 98 デスクトッ […]
【Rトラブルシュート】caret がインストールできなかった件
caret を install.pakages ("caret") でインストールしようとしたら、 Error in install.packages : object 'caret' not found となってインストールできなかった。 下記に答えが ▼ install.packages('caret', repos='http://cran.us.r-project.org') […]