【Rで統計】正規分布とrnorm, dnorm, pnorm, qnorm
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Rを使った正規分布関連の覚書。 正規分布 (normal distribution) とは 正規分布とは、平均値と最頻値・中央値が一致し、それを軸として左右対称となっている確率分布。 多くの統計的手法において、データが正 […]
「Rで統計」の記事一覧
【Rで統計】カイ二乗検定
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カイ二乗検定とは カイχ二乗検定というと、一般にピアソンのカイ二乗検定を指す事が多い。 仮説によって、適合度検定や独立性の検定などがある。 基本はｔ検定と似ているけれど、ｔ検定が「２つの群の連続変数（numerical […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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二元配置分散分析の求め方。 "二元" の "２" は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分 […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ &nbs […]
【Rで統計】F検定とt検定
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等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(Tg$NFT, WT$NFT) アウトプットは下記↓ output F test […]
【Rで統計】Kruskal.Wallis検定
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前回、ノンパラメトリックの2群検定の方法を書き留めておいたけど、 「よく考えたら、2群じゃなくて、2群ｘ3群の6群でみなきゃじゃん。」 とゆーことに気づき、 多重比較のデータを追加した。 各グループが正規分布じゃないこと […]
【Rで統計】Wilcoxonの順位和検定
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あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […]
【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する
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あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。 R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。 例えば、 Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE( […]
【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
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先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "ke […]
【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
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共分散分析 (analysis of covariance, ANCOVA) は、 従属変数が「連続型」の場合、1つ以上の独立変数がその連続型の共変量に影響を及ぼしているかどうか調べる時に使う。 「共変量を用いる」という […]
【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
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回帰分析をする際、 目的変数が Yes or No などの２つだと、通常のロジスティック回帰を行うが、 これが、例えば Not, Low, Intermediate, or High のように、 ３つ以上の場合は、順序ロ […]
【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定）
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Demographics を Table で出す時、 正規分布していたら 平均値と標準偏差（standard devision, SD） 正規分布していなかったら 中央値と四分位範囲（inter quartile ran […]
ざっくりと統計いろいろ：適切な統計手法を選択する
先日、同僚のポスドクからテキストが届きました。 「Prism (統計ソフト) で統計やってんだけど、ANOVAでP < 0.001 ってなっているのに、Tukey では P > 0.05ってでて有意差ないって […]
【Rで統計】McNemar検定
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COVID19による在宅勤務継続中…… 自宅の顕微鏡でコツコツ見てきたデータを元に、ある病理分布のステージングを作ったのですが、 オンラインミーティングで、 「そのステージングの信頼性を示す統計が必要。」 と言われました […]
【Rで統計】オッズ比、P値、信頼区間
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前回に引き続き、統計の備忘録。 例えば、カテゴリカル変数のXとYというデータの相関、オッズ比（超幾何分布による最尤推定値）、 95% 信頼限界などは、カイ二乗検定 odds.ratio() やフィッシャーの […]
【Rで統計】ロジスティック回帰分析
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デスクワークをしながら、久しぶりにRを開きました。 私は最初、「言語さえ理解できれば応用が利く」と思って、統計にはRを利用していたのですが、周りの同僚達は皆、ラボが購入している統計ソフトを使っているので、最近はRから少し […]