ImageJ-Fiji

Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。

(論文ではMethodsに記載する必要がある。)

画像の取り込みと確認

生データをFijiで取り込む

顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。

(今回は、cziファイル。撮影は16bitで撮影し、16bitのまま編集、最後にRGBに置換してtifで保存する。)

opening

最初のディスプレイは何もチェックせず、"OK"。

開いたら、イメージタイプを確認

Fijiでcziファイルを取り込むと、ディスプレイに表示される。

dysplay-16bit-1

最初に、Image > Type で 16bitであることを確認する。

dysplay-16bit-2

コントラストの変更

コントラストの変更は、Image > Adjust > Brightness/Contrast(Ctrl + Shift + C)

BC-1

3つのチャネル毎にコントラストを変更。

Maximumを左裾野に合わせる。

蛍光の場合はMinimumを右裾野に合わせるが、明視野の場合はMaximumのみ調整するほうがきれい。

BC-4
BC-5
BC-6

それぞれのMaximumを調整したら、"Apply"。

"pixel valueが変わっちゃうけどいいですか?" と聞かれるけど、"OK" をクリック。

BC-7

すると、それぞれのチャネルのスペクトラム範囲が変わる。

BC-8
BC-9
BC-10

できた画像はこんな感じ。Maximumをそれぞれのチャネルの裾野に置くことで、全体的に明るくなった。

BC-11

この状態で、初めて Image Type をRBGに変更する。(先にすると、スペクトラム範囲が狭くなった状態で画像調節するので、さらに狭くなっちゃう。)

BC-12

画像の表示を見ると、16 bit, 16 MB だったのが、RGB 11 MBに変わっていることが確認できる。

BC-13