【ImageJ/Fiji】色を変更
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例えば2重染色と核染色の3つの画像を撮影したlifファイルをFijiで開いたとき、各stack画像は全部青に疑似カラーされている。 これだとイメージが湧きにくいので、Color1の色を緑、Color2の色を赤に変更してみ […]
「ImageJ / Fiji」の記事一覧
【ImageJ/Fiji】マージして作製したTIFF画像を、目的のカラーで見えるようにする
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Fijiで作製したmerge画像をTiffで保存した場合、viewerなどで見ると疑似カラー等が消え、各チャネルがstack画像として保存される。 このままだと目的のmerge画像には見えないので、これはこれで保存してお […]
【ImageJ/Fiji】イメージサイズ（解像度）を変更
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コントラストの変更、切り抜きを行った後に、イメージサイズを変更する。 イメージサイズの変更 スタート時点でのイメージサイズは、200 px ✕ 200 px。 これをサイズダウンしてみる。 Image > Adju […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
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前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、 […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
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Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は […]
ジャーナルから “photoshopで画像のコントラストを調節したら駄目ですよ” と指摘された件
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先日、投稿先のジャーナルから 「レビューアーのレビューは終わったんだけど、ジャーナルのルーチンチェックで画像に懐疑的な問題が指摘されたので、対応してください。」 という旨のメールが届き、一気に心拍数が上昇しました。 ―― […]
【ImageJ/Fiji】ホワイトバランスをとる方法
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顕微鏡写真を撮影するときに、予めホワイトバランスをとることは基本ですが、 中には後から見直して、 「あれ？ホワイトバランスとったつもりだったけど……なんか変。」 となる事も…… 私の場合、今まで使い慣れてい […]
【ImageJ/Fiji】マクロ作成
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以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Macroの作成 Plugins→Macros→Recordを選択し、その状態で上記プログラムを実行してい […]
【ImageJ/Fiji】Colocalization算出（Striatum, spine markers）
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以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Colocalization Assay 1. Confocal microscopeで撮影した […]
【ImageJ/Fiji】Striatum の Spine density のカウント
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以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Spine DensityのCount（cell countにも使える） Confocal microsc […]
【ImageJ/Fiji】StriatumのSpineのIntensityの求め方
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以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Intensityの求め方 Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。C […]
【ImageJ/Fiji】Representative image作成
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以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Representative Imageの作り方 1. Confocal microscopeで撮影したI […]
【ImageJ/Fiji】スケールバーを表示
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ImageJ/Fijiでスケールバーを表示する方法。 ……高性能の顕微鏡で撮影した画像には、たいていスケールの情報が入っているので、まずはそちらから。 スケール情報を表示 通常の場合 Fijiで画像を開く> Ana […]