ナイアシン受容体のHCAR2がミクログリアを活性化し、ADに保護的に働く
ビタミンB群が神経保護的に働く事は時々聞きますが、その中の1つであるナイアシンは、ビタミンB3に該当し、ニコチン酸（nicotinic acid）とニコチンアミド（nicotinamide）の総称になります。 ニコチン酸は小腸から吸収されると、肝臓で酸化型のNAD+ (Nicotinamide adenine dinucleotide) に代謝され、還元型の NADH の間で電子のやり取りをするこ […]
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2022年4月
【Illustrator】オープンパスの連結
Heatmapのテンプレ画像を作る為にイラレ作業中。 ちょこちょこ忘れている所があったので、備忘録。 オープンパスの連携 例えば下図真ん中のように、パスが離れている場合、 色塗りできないからくっつけたい。 こんな時は、離れた2つのオープンパスをダイレクト選択ツール（△）で選択した状態で、ツールボックスから「Joint Tool」を選択し、 目的の所の上でちょこちょこ動かして魔法をかけると、 2つの […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、前回のおさらい。 全体でNAがある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat),] で、例えば “Industry” の列に欠損値がある行を選出する方法。 Dat[is.na(Dat$Industry),] すると、”Industr […]
【Illustrator】検索と置換
イラストレーター内で、文字を検索したり置換したりしたいとき。 wordみたいに Ctrl＋F／Ctrl+H はできないけど、ちゃんと検索・置換機能がある。 検索と置換 上にある「編集（Edit）」タブから、「検索と置換（Find and Replace…）」を選択。 「検索と置換（Find and Replace）」ウインドウが現れるので、 Find: 置換前の言葉 Replace w […]
【Rデータ整理】NAの取り扱い方①：NA／NA以外のデータの抽出方法
データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 前処理：空欄を NA に置き換えてデータをインポートする 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄がある。 これをRに取り込むと、 Dat <- read.csv("Data.csv") 空欄部分は時々空欄のまま、時々”NA”として認識される。 こ […]
髄液中の可溶性TAM受容体（sAXLとsTyro3）はアルツハイマー病のバイオマーカーになり得るか
神経炎症は、アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）を含む多くの神経変性疾患で認める初見で、病態との関連も多く報告されています。 炎症を語る上で外せない細胞の１つがミクログリアですが、そのミクログリアの活動を調整する因子の１つに TAM受容体ファミリーがあります (Glossary参照) [1, 2] 。 TAM受容体は TYRO3 AXL MER の３種類が […]
【Illustrator】丸（○）のオブジェクトを四角（□）に変換 etc.
同僚からの依頼。 下グラフのDLB2の黄緑の○を、上のDLB1と同じ深緑色に変えて、形を○から□に変更したい、という内容。 途中まではさくっとできたけど、○ → □ って、どうすればいいかなーと迷ったので、その時の解決法をメモ。 同じ線と塗りを選択 まずは「V」（選択ツール）で目的のDLB2の黄緑○を選択したあとで、 「選択」→「共通」→「塗と線」で 共通の黄緑○を全て選択。 色を変 […]
【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection
Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして directory <- ("./フォルダ名") から directory <- ("./フォルダ名/") に変更したり、 作業ディレクトリを一個上の階層 […]
【Excel】カット（コピー）したセルを挿入する時のショートカット
エクセルでセルをカット（コピー）して別の場所に挿入する場合、 今までは、 １．セルをカット「Ctrl + X」or コピー「Ctrl + C」 ２．挿入先を選択 ３．「Shift + F10」 (右クリック) ４．「Alt + I」（カット or コピーしたセルを挿入） ５．元からあったセルを下に移動 としていたけど、もっと簡単にできる方法を見つけたのでその備忘録。 カット（コピー）したセル […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?③：FTLD-TDPにみられるアミロイドフィブリルはTDP-43じゃなくてTMEM106B!?
TMEM106B凝集体のcryo-EM解析第３段。 前回までのおさらいですが、最近、TMEM106B凝集体に関する論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr.Fitzpatric、カナダ・英コロンビア大学のDr.Mackenzieらの研究グループからで、FTLD-TDP, PSP, DLBの患者さんの脳内でTMEM106Bの凝集体があ […]
【Rベーシック】絶対パスと相対パス
絶対パスと相対パスについて 上記、csvファイルやxlsxファイルを取り込む際、データが同じフォルダにあったら”ファイル名.csv” etc.だけでいいけど、ファイルが別の場所にある場合は、絶対パスや相対パスで場所を指定する。 絶対パス 場所を１番上の階層から全部書いていく。 Dat1 <- read_csv("D:/R/R directory/R_example/D […]
【Excelマクロ／VBA】PERSONAL.xlsm/PERSONAL.SLXB を開く
エクセルでマクロを personal.xlsm に記録・呼び出しするためには、PERSONAL.xlsm を開いておかなければならない。 その保存先についての備忘録。 1. 「Win + E」でファイルエクスプローラーを開く。 2. 「Ctrl + L」でアドレスバーに移動 3. 「C:\Users\ユーザー名\AppData\Roaming\Microsoft\Excel\XLST […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?②：TMEM106Bの凝集体は神経疾患の他、健常高齢者脳内でも観察される
前回 [1] に引き続き、 TMEM106Bに関する論文。 今回は、Nature誌に掲載された、イギリス・MRC研究所のDr. Goedert、Dr. Scheresらの研究グループからで、色々な神経変性疾患の他、健常高齢者の脳内でもTMEM106Bの凝集体が観察された、というcryo-EMでの解析 [2]。 ざっくりおさらいですが、TMEM106Bは274aaのII型膜貫通型蛋白で […]
【R Markdown】Figureサイズの設定方法
R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_document: fig_width: 6 fig_height: 4 --- チャンク内で設定する チャンク内に下記のように記載する事で設定可能。 knitr::opts_ch […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?①：TMEM106Bの凝集体が色々な変性疾患で観察される
先日、TMEM106Bに関する驚きの論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr.Fitzpatric、カナダ・英コロンビア大学のDr.Mackenzieらの研究グループからで、FTLD-TDP, PSP, DLBの患者さんの脳内でTMEM106Bの凝集体があることをcryo-EMとMSの解析から明らかになった、というもの [1]。 N […]