【Rデータ整理】列の抽出：[ ]を使う
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[ ] (square brackets)を使って、各要素にアクセスする方法は、下記参照。 この基本を使って、データフレームの列を抽出する。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Co […]
「Rデータ整理」の記事一覧
【Rデータ整理】行や列の抽出：[]を使う
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[ ] (square brackets)を使って、各要素にアクセスする方法は、下記参照。 この基本を使って、データフレームの行や列を抽出する。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID […]
【Rデータ整理】列の抽出／削除／並び替え：select
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例えば下記データ（Data_c）がある。 X ID Cohort Sex Age ADNC 1 1 232493 LBD Male 83 Low 2 2 326342 AD Male 78 High 3 3 326322 […]
【Rデータ整理】データの中身（構造）を確認する：str
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データをインポートしたらまず始めにする作業。 今回は、同じ階層にある"my_Data"というエクセルファイルをインポート library(readxl) Data_C <- readxl::read_xlsx(". […]
【Rデータ整理】１行目を列名に指定する：colnames
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下記のようなデータが得られて、 １行目の値を列名に宛てがいたい場合。 colnames() で列名を１行目に指定した後、１行目を削除する。 colnames(df7) <- df7[1,] df7 <- df […]
【Rデータ整理】行の並び替え：arrange／order／sort
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下記のようなデータフレーム(df)があり、行を昇順or降順で並べ替えたい時。 私が使いやすいと思う順で arrange() , order , sort() の使い方を書き留めておく。 dplyr::arrange() […]
【Rデータ整理】データフレームの行と列を入れ替える：t／as.data.frame
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下記のようなデータがあって、行と列を入れ替えたい場合。 t(データ) でOK。 df6 <- t(df5) ただこれだと行列で返ってくるので、 > class(df6) [1] "matrix" "array […]
【Rデータ整理】重複する列を削除：distinct
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下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか count(group_by()) で求めると、 Dat1 <- rea […]
【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
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例えば、下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか知りたい時。 count(group_by()) で求める。 Dat1 […]
【Rデータ整理】クロス集計表
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カテゴリデータの集計表⇔データフレームの切り替え。 クロス集計表 例えば、 運動あり 運動なし 認知症あり 10 15 認知症なし 20 5 のようなデータの集計表を作る時。 基本は行列で作る。 行列（matrix）で作 […]
【Rデータ整理】tidy data に変換する
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↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサ […]
【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
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列A、列B、列C...の各行毎に平均値を出して、それぞれ新しい列に結果を追加する方法３つ。 個人の練習も兼ねて前後の工程も記載しているので、あしからず。 事前準備 データの取り込み 人からもらった、とあるデータを取り込む […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
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前回の続き。 下記データフレーム（Dat）で、"Expenses" の値を補完しようと思うけど、 17行目の "Expenses" は、両隣の "Revenue" と "Profit" から計算できる。 この場合は、 " […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
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NAの取り扱いシリーズ第４段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値（median）で補完する方法。 場合によっては平均値（mean）でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
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NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 "State" が<NA& […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
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NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、前回のおさらい。 全体でNAがある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat),] で、 […]
【Rデータ整理】NAの取り扱い方①：NA／NA以外のデータの抽出方法
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データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 前処理：空欄を NA に置き換えてデータをインポートする 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄がある。 これ […]
【Rデータ整理】列の順番を並び替える：select
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データフレームの列の順番を並び替える時は、列選択で使用する dplyr::select を使う。 例えば、下記の様なデータフレーム（データ名: Dat1）があって、 これを左から 「Sex -> Genotype […]
【Rデータ整理】ちょっとした集計：dplyr::summarise
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データフレーム内の合計や平均値などを求める時、Rでは「aggregate関数」が用意されているけど、比較的作業時間がかかるため、「dplyr::summarise」の方が良さげ。 ちょっとした集計：dplyr::summ […]
【Rデータ整理】文字を切り出して新しい列に追加する：mutate／substr／str_sub
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文字列から一部だけ切り出して、新しい列を作りたい時。 列の追加は dplyrパッケージ: mutate 文字の切り出しは R標準パッケージ: substr or substring stringrパッケージ: st […]
【Rデータ整理】列の追加：mutate
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Rで列を追加する時は、 dplyr::mutate() を使っている。 mutate(列A+列B) のように計算式の結果を入れられるので便利だけど、文字列を入れる時はこんな感じ ▼ 例：Data というデータフレーム内で […]
【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
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データフレームに列を追加する時の方法２つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は " " で括って追加する。 mutate(列名 = […]
【Rデータ整理】文字etc.をつなげる：paste／paste0
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paste()やpaste0は、()内の要素を文字型に変えて、繋げて出力するときに使う。 paste() 使い方は、paste("文字1","文字2",sep = 繋げる方法) のように使う。 # AとBと1を、ハイフン […]
【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：str_c／paste
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例えば作表の際、列名に「(N = 数字)」という情報をいれたくて、数値は計算式で出したい場合、 stringr::str_c() 文字列操作は Hadley氏作製の stringr パッケージで完結できる。 string […]
【Rデータ整理】NAを無視して計算する：na.rm = TRUE
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Rにはベクトル専用の関数が多く用意されている。 例えば、 sum() ：合計を求める mean() ：平均値を求める median() ：中央値を求める etc. この時注意したいのが、データフレーム内に「 […]
【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
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例えば、あるデータ（Data）内に Alzheimer's disease neuropathologi change (ADNC) の項目があり、 そのデータフレームに ADNC="Not" と ADNC="Low" […]
【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
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R で小数点第○○位まで出したい、というときは、Excel でもおなじみの Round 関数が使える。 round(データ, 桁数) round(0.12345, 3) output 0.123 ただこれだと、小数点以下 […]
【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
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相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2... に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになって […]
【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
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R にデータを取り込んで、そこから最初に行う作業の備忘録。 データのインポート 私は、データベースからエクセル (.xlsx) でデータを取得し、それを R に取り込む場合が多い。 エクセルの取り込みは、 readxl: […]
【Rデータ整理】データフレームの結合 : join
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最近リバイスが返ってきて、データ整理に追われ中…… n数を増やす目的等で他から持ってきたデータを結合させた時の備忘録。 dplyr::join dplyr パッケージの join 関数を使う。 join 関数は４種類。 […]
【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
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下記のようなデータフレームがあり、この表の行名（左側の列）と列名（一番上のヘッダー行）とを変更したい場合。 Estimate Std. Error Pr(>|z|) OR CI_low CI_high (Inter […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
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例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer's Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82 […]
【Rデータ整理】文字の置換：gsub／sub／str_replacement
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とある csv データを取り込み…… Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 数値になっていてほしいところが、文字列で認識されている。 これはなんでかというと […]
【Rデータ整理】factor と numeric の変換
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これからデータ整理の色々と書き留めていく予定。 まず、とあるcsv データを取り込み。 取り込みの方法は下記 ▼ Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 fa […]