RStudio の Terminal から GitHub にコードを反映する方法の覚書。
もちろん、Git Bash でも使える。 RStudio の反応が悪い時には、Git Bash から送信したほうが早い場合も多い。
今回は、研究コード管理で頻用する commit → push（Terminal編） をまとめておく。
GitHubに変更を反映する（commit & push）の基本4ステップ
GitHub にコードを反映する流れは基本的にこの4つ。
git status
git add .
git commit -m "コメント"
git push① 現在の状態を確認する
まず、プロジェクトフォルダに移動する。
例
cd D:\R\public_scRNA_THY-Tau22_7mo_Ctxそのあと
git statusを実行する。
すると
modified: analysis_script.Rのように、変更されたファイルが表示される。
② commitするファイルを追加
変更したファイルを Git に登録する。
全部まとめて追加する場合
git add .特定のファイルだけなら
git add analysis_script.R③ commitする
次に commit を作る。
git commit -m "Add gene_of_interest analysis"このコメントは あとで履歴を見たときに何を変更したか分かるように書く。
研究用途だと
Update DEG analysis
Add scRNA-seq preprocessing
Fix celltype annotationなどが多い。
④ GitHubにpushする
最後に GitHub に反映する。
git pushこれで GitHub のリポジトリに更新が反映される。
よく使う「基本セット」
実際には、ほぼ毎回これだけ。
git status
git add .
git commit -m "update analysis"
git push研究コードを書くときは、この操作を1日に何回も行うことになる。
研究用GitHubで気をつけること
研究用途では次の2つが重要。
① raw dataはpushしない
FASTQ
bam
large matrixこれらの raw data は基本 GitHub には入れない。
GitHub はコード管理用なので、大きなデータは .gitignore で除外しておく。
② scriptは細かくcommitする
例えば
scRNA_preprocess.R
DEG_analysis.R
plotting.Rのようにスクリプトを分けて、変更ごとに commit しておくと、後で解析の再現性が高くなる。
GitHubは「研究ノート」に近い
個人的には GitHub は 実験ノートのコード版 だと思っている。
- いつ
- どこを
- どう変えたか
がすべて履歴に残る。
研究をしていると 「この解析、いつ変えたんだっけ」 ということが必ず起きる。
GitHub を使うと、それをすべて追跡できる。
まとめ
GitHub に変更を反映する基本操作はこの4つ。
git status
git add .
git commit -m "comment"
git pushこの4つだけ覚えておけば、研究コードの管理はかなり楽になる。
