【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する

あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。

R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。

例えば、

Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE(-)", "LBD-LATE(+)", "AD-LATE(-)", "AD-LATE(+)", "LBDAD-LATE(-)", "LBDAD-LATE(+)"))

と論理型のレベルを指定すると、最初のグループである "LBD-LATE(-)" を参照グループとして計算する事になります。

これを、「グループの並びを変える事なく、参照グループを自在に指定したい」と思って調べたら、下記に答えが。

ロジスティック回帰の基準(reference) 変更 - 統計学備忘録（R言語のメモ）
https://yoshida931.hatenablog.com/entry/2021/01/26/213000
ロジスティック解析を行うときには、オッズとオッズ比の基準 (reference) が非常に重要になります．特に日本語での記述の場合には、解析を行う前に基準を設定することをお勧めします． df

それによると、

データフレーム$列 <- relevel(データフレーム$列, ref="参照グループ" )

で可能のよう。

実際に上記方法で"LBDAD-LATE(+)"というグループを参照グループとして指定してみると、

Data1$Group <- relevel(Data1$Group, ref="LBDAD-LATE(+)" )
lmerTest::lmer(rank(MMSETotal, ties.method="average", na.last="keep" )~Group*MMSEtoDeath + GlobalAgeOnset + Education + (1|INDDID), Data1)

期待どおりの結果が得られました♪