サイトメガロウイルス感染ーCD38+ミクログリアーアルツハイマー病の関係
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ウイルス感染とアルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) との関係は、これまでにも多くの報告があります [1, 2, 3] 。 ミクログリアは脳内の免疫細胞として日々働いているわけですが、ウイル […]
寂しい人は、病気になりやすい
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「社会的に活動的な人は、健康で長生きする」という研究結果は、これまでにも多く報告されています [1, 2] 。 逆に言うと、「社会的に孤立している人は、病気になりやすい」という事にもなるわけで……。 今回、 […]
神経活動を駆動力に、ミトコンドリアDNAが記憶を守る
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加齢により、私達の記憶力は低下しますが、同時にミトコンドリアの機能も低下しています。 けれども、この2つの現象、実はつながっている可能性があったようです。 今回、中国・浙江大学（Zhejiang University S […]
脳の老化に関与するキープレイヤー達
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今年最初の一人抄読会は、今、私が最も気になっているテーマの一つ、細胞老化のお話から。 生物の加齢に伴い、脳内の細胞も老化していきますが、その老化に対する感受性や抵抗生は、細胞の種類や解剖学的場所によって様々です。 今回、 […]
2025年 注目の科学（Nature）
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新年を迎えました。 2025年、科学の世界でどのようなイベントが注目されているのでしょうか？ Nature誌の ”2025年に注目すべきサイエンスイベント” からの情報。 今年注目されている領域は、去年に引き続き、体重減 […]
2024年 今年のブレイクスルー研究（Science）
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年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今年の後半は一人抄読会を全く更新できませんでしたが、せめて Science の Breakthrough of the Year は毎年書き残し […]
Rで使う正規表現の色々
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Rでよく使う正規表現のパターンを、カテゴリー別に整理してみた。 Rで使用する正規表現いろいろ 文字の検索・位置指定に関するパターン パターン 説明 例 ^ 文字列の先頭を指定 ^Hello は "Hello World" […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error: pandoc document conversion failed with error 1
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RMarkdownをwordファイルにknitしようとしたとき、下記エラーメッセージが出て止まってしまった。 Error: pandoc document conversion failed with error 1 こ […]
【Google Search Console】HTTP marked with canonical tag
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先日、日録のカテゴリーをサブドメインに移動した。 思っていたよりも簡単にできたけど、SEO的に必要な項目を抑えているかどうか不安が残るところ。 とゆーことで、サブドメインに記事を移動した後、ちょくちょく ”Google […]
【VSCode】VSCodeにGitHub Copilotを導入
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先日、RStudioにGitHub Copilotを入れて、かなり使いやすいと感じたので、 （順番が逆ですが）VS Codeにも導入することにしました。 以下、導入方法と使い方についてまとめておきます。 事前準備 事前準 […]
【RStudio】RStudio に GitHub Copilot と chattr を取り込む
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折角GitHubの設定を行ったので、この機会に「GitHub Copilot」をRStudioに導入し、ついでに、毎日ブラウザでお世話になっている「ChatGPT」もRStudioに入れてみることにしました。 「どっちか […]
【RStudio】GitHubのブランチ（Branch）を作って作業する
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RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ […]
【RStudio】GitHubのリポジトリからRStudioに「Pull」
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RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ […]
【RStudio】RStudioで作成したスクリプトを「Commit」→「GitHubにPush」
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RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ […]
【RStudio】RStudio を GitHub と連携
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RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ […]
【RStudio】RStudio を Git と連携
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RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ […]
小児に偶発的に見つかった脳腫瘤性病変に関する文献的考察
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先日、頭部MRIで偶発的に見つかった片側視床の腫瘤性病変。 それが何なのか現時点でははっきりとはわかりませんが、脳外科の主治医によると、このような子どもの症例は、時々見かけるそうです。 そのまま大きくならずに経過している […]
【Rで作表】{knitr}パッケージのkable()と{kableExtra}パッケージの組み合わせ
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作表で使われるのは、{knitr}パッケージのkable()(=kbl())と{kableExra}パッケージの組み合わせや、{gt}パッケージ等。 臨床論文の最初に出てくる「Table1」を作るときにはtableone […]
【R Markdown】コードを隠す
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例えば、R Markdownで簡単な表を作った場合、 ```{r} df_6h <- data.frame("1"=c("Cont_6h_1","LPS_6h_1"), "2"=c("Cont_6h_2","LPS […]
Git／GitHubの環境構築
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これまで、Rのスクリプトやプロジェクトの管理を、職場のサーバーに諸々保存して、リモートデスクトップで編集して、、、とゆー感じでやっていました。 けれど、新しい職場はセキュリティ対策的なもので、しょっちゅうネットワークがリ […]
【Outlook】送信メールの取り消し/やり直し
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メールを送信した後で、「しまった！間違えた！」という時がある。 Gmailだったら、完全送信までに30秒間の猶予を与えてくれるけど、Outlookの場合はそのまま送ってしまうよう。 でも、相手が未読の状態だったら、「送信 […]
【Google Sheet】カレンダー（Date Picker）を表示する
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グループ内でのスケジュール管理などに何かと便利なGoogle Sheet。 日付をカレンダーからピックアップしたいときは、Date Pickerにしておくと便利。 Date pickerの表示方法 1．対象のセルを選択。 […]
【Rトラブルシュート】Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(j - i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): namespace ‘cli’ 3.3.0 is already loaded, but >= 3.6.1 is required
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”tidyverse"のfunctionがない、というエラーメッセージが出たので、アンインストール／再インストールを試みた。 remove.packages("tidyverse") install.packages(" […]
【Excel】CSVファイルが文字化けする時
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必要なデータをCSVファイルとしてダウンロードした時、時々文字化けして困ることがある。 これは、文字コードの違いであることがほとんど。 文字コードの違いが原因かどうか確認する方法 文字化けの原因が文字コードの違 […]
【Rトラブルシュート】Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : invalid multibyte string at ‘83>|81>[‘
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read.csvでダウンロードしたCSVファイルを開こうとしたら、 read.csv("D:/Downloads/New_file.csv") 下記メッセージ。 Error in make.names(col.names […]
【Rで作図】軸を切断して途中を省略し、軸幅の割合を変える
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ggplotで作った下記グラフ、一番高いバーのせいで、低いバーが見えにくくなっている。 なので、途中で棒をぶった切って、中間部を省略し、さらに上の方は間隔を狭めたい。 ……と思った時の備忘録。 軸を切断して途中を省略し、 […]
【Remote Desktop】画面サイズの最適化
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リモートデスクトップの時、自宅のモニターとサイズが合わず、タスクバーのアイコンを探す時に下にスクロールしなくちゃならなかったりしてちょっとモヤッとする。 こんな時は、「Smart Sizing」を使うと便利。 画面左上を […]
【Rデータ整理】行や列の抽出：subset
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データフレームから、subsetを使って、特定の行や列を抽出する方法。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubtype 1 1 […]
【QuPath】Thresholdで二値化して陽性部分の面積を求める
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例えば、このマウスのIHC画像。 海馬と皮質の部分をそれぞれannotationして、二値化してDAB染色陽性部分の面積を測定したい。 アノテーションを作成する まずは、計測したいエリアを選択して、アノテーションを作成す […]
【Illustrator】オブジェクトの形を歪める
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この血管の図形、内皮細胞がないので、足してみる。 まずは直線でこのような内皮細胞の管をつくる。 これを、ArterioleのBranchに沿って変形させたい。 オブジェクトを歪める この時役に立つのがWarp Tool（ […]
【RStudio】RとRStudioのインストール
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Rは統計解析等に強いプログラミング言語。 RStudioは、Rを使うための総合開発環境（IDE）の一つ。 両方とも無料でダウンロードできる。 Rのダウンロード／インストール Rのダウンロード CRANウェブサイトへ。 私 […]
【Outlook】メールボックスがいっぱいになったと警告を受けたら
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ある時、職場のOutlookのメールボックスに下記のような警告メッセージが届いた。 まだ赴任して1年も経っていないのに、もうメールボックスがいっぱいだなんて……こんなの仕事にならないわ。。。 IT掛に相談す […]
句読点のデフォルト「。、」を「．，」に変更：文字変換ソフトから／Word設定から
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日本語で文章を書くとき、普段使っている句読点は「、。」だけど、日本語の論文では「，．」を使うように指示されることが多い。 その時だけデフォルトを変更する方法の備忘録。 文字変換ソフトウェアのプロパティから変更 私が普段使 […]
【ReadCube Papers】Bibliographyをカスタマイズ
WordにReadCube Papersのアドインを入れて論文を書く今日この頃。 雑誌の規定にあったBibliographyのフォーマットが、リストの中から見つからなかったりする。 今回は、APAのスタイル […]
糖尿病の薬がパーキンソン病に効く？：GLP-1受容体作動薬lixisenatideの第二相試験の結果
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Science誌で、去年のBreakthrough賞に選ばれたのは、「GLP-1受容体作動薬」でした。 GLP-1受容体作動薬は、現在、2型糖尿病の治療法として一般的に使用されています。 この薬は、GLP-1受容体の活性 […]
【Rで作図】Y軸タイトルを2列にする
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ggplot2でグラフを描いたとき、Y軸タイトルを長ーくすると、2列に降りたくなる。 ▲ グラフの中にY軸タイトルが収まりきれない。。。 その方法の備忘録。 Y軸タイトルを2列にして、位置を調整する 正規表現「\n」で改 […]