【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる

最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。

私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。

で、その方法 ↓

棒グラフにプロットを重ねる

棒グラフだけだと mean とかのデータを使うけど、プロットを重ねる時はボックスプロットなどと同じ様に生データのデータフレームを使う。

（コード内では、表の上にもっていきたい方を後ろの方に書く。）

棒グラフの部分は、

stat_summary()

で、

geom = "bar"

と指定する。

（今回、オスとメスとでそれぞれグルー化して表示したかったので、

aes(x = 性別, fill = グループのデータ, group = グループのデータ) = "dodge"

、

position = "dodge"

としてグループ化して表示し、

さらに特定の領域毎に分けて表示したかったので、

facet_grid(~部位名)

で部位ごとに分けている。）

Data %>% 
  ggplot(
      aes(x = Sex,
      y = NFT,
        fill = Group,
        group = Group
        )
    ) +
  stat_summary(
    fun = "mean",                         # 値は平均値で表示
    geom = "bar",                         # 棒グラフにする
    width = .8,                           # 棒の幅を .8 に設定
    position = "dodge",                   # 棒グラフを性別で固めてグループ毎に横に並べる
    colour = "black",                     # 棒グラフの線の色
    size = 1 +                            # 棒グラフの線の太さ
    facet_grid(~ Region, scales = "free")   # Region 毎にグラフを分ける
    )

ここに、

geom_point()

でプロットを重ねる。

プロット同士の重なりを防ぐため、

position = position_jitterdodge()

でプロット同士を少しずらして表示する。

geom_point(
    position = position_jitterdodge(
      jitter.width = .5,          # プロットの横の散らばり具合を .5 に設定
      jitter.height = 0           # プロットの縦の散らばり具合は絶対 0 に。じゃないと嘘のプロットを表示することになる。
      ),
    size = 3,                     # プロットのサイズ
    colour = "black",             # プロットの線の色
    aes(shape = Group)            # プロットの形をどのデータでわけるか
    ) +
  scale_shape_manual(             # プロットの形をマニュアルで設定
    values = c(23, 22, 25, 24)
    ) 

プロットの形は、下記参照。

• 0-4 は白抜き。
• 5-20 は黒で塗りつぶし。
• 21-25 はマニュアルで色を設定。

私は棒グラフの色と合わせたかったので、23, 22, 25, 24 を選択。

色は、先にしてしていた

scale_fill_manual()

の色で表示される。

 

できあがり。

 

さらに P値も入れておく。（今回全部有意差なし。）

 

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全体のコードは下記 ↓

Data %>% 
  ggplot(
    aes(x = Sex,
        y = NFT,
        fill = Group,
        group = Group
        )
    ) +
  stat_summary(
    fun = "mean",
    geom = "bar",
    width = .8,
    position = "dodge",
    colour = "black",
    size = 1
    ) +
   scale_fill_manual(
    values = c("#eaf4ff", "#7fbfff", "#ffeaea", "#ff7f7f")
    )  +
  facet_grid(~ Region, scales = "free") +
    #theme_bw() +
  theme_classic() +
  theme(
    title = element_text(size = 20),
    legend.title = element_text(size = 10),
    axis.title.x = element_text(size=15),
    axis.title.y = element_text(size=15),
    axis.text.x = element_text(size=10, colour = 1),
    axis.text.y = element_text(size = 10, colour = 1),
      ) +
    labs(
    title = "Graph",
    x = "Genotype",
    y = "% of positive cells") +
  geom_point(
    position = position_jitterdodge(
      jitter.width = .5,
      jitter.height = 0
      ),
    size = 3,
    colour = "black",
    aes(shape = Group)
    ) +
  scale_shape_manual(
    values = c(23, 22, 25, 24)
    ) +
  stat_summary(
    fun = "mean",
    fun.min = function(x)mean(x) - sd(x)/sqrt(3),
    fun.max = function(x)mean(x) + sd(x)/sqrt(3),
    geom = "errorbar", position = position_dodge(.8),
    width = .5, size = 1,
    colour = "black",
    ) +
  scale_y_continuous(
    expand=c(0,0),
    limits = c(0, (max(Data$NFT) + sd(Data$NFT))*1.1)
    ) +
  geom_signif(data = data.frame(Group = c("WT, M", "geneX KO, M", "WT, F", "geneX KO, F")),
             aes(
               y_position=c(2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2),
               xmin=c(0.8, 1.8, 0.8, 1.8, 0.8, 1.8, 0.8, 1.8, 0.8, 1.8, 0.8, 1.8, 0.8, 1.8, 0.8, 1.8),
               xmax=c(1.2, 2.2, 1.2, 2.2, 1.2, 2.2, 1.2, 2.2, 1.2, 2.2, 1.2, 2.2, 1.2, 2.2, 1.2, 2.2),
               annotations=c(
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Ipsi_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Ipsi_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Ipsi_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Ipsi_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Ipsi_Ctx$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Ipsi_Ctx$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Ipsi_Ctx$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Ipsi_Ctx$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Cont_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Cont_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Cont_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Cont_Hipp$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Cont_Ctx$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Cont_Ctx$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_M_ttest_Cont_Ctx$p.value,2)),
                 paste("P=", round(NFT_F_ttest_Cont_Ctx$p.value,2))
                 )
               ),   #a, b, a, b, c, d, c, d,... と記載すべし
             tip_length=.02,
             manual = T)