【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法

医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい "Patient Demographics"…

その "Table 1" を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。

 

基本的な使い方は、下記参照 ▼

 

今回はちょっと躓いたところと、その解決法を書き留めておく。

tableone を使う時に躓いた事とその解決法

私は、tableone と flextable の組み合わせで作表している。

tableone で基本情報を出力し、その後必要な情報を加えて、最後に flextable で出力、というイメージ。

Toggle = T が便利

e.g. とあるデータ。

Data_AD %>%
        tableone::CreateTableOne(vars = c(
        "Sex",
        "Age",
        "DiseaseDuration",
        "BrainWeight",
        "HS",
        "LBDSubtype",
        "ADNC"
        ),
        strata = "LATE",
        factorVars = c(
        "Sex",
        "HS",
        "LBDSubtype",
        "ADNC"
        ),
        testExact= T,
        testNonNormal = "wilcox.test"
        ) %>%
        print(nonnormal = T, printToggle = T, contDigits = 1, na.print = "") %>%
        as.data.frame() %>%
        mutate("AD cohort" = c(
        "n",
        "Sex (n, %)",
        "Age at death (y, IQR)",
        "Disease duration (y, IQR)",
        "Brain Weight (y, IQR)",
        "Hippocampal sclerosis",
        "LBD subtype",
        "ADNC (n, %)",""
        )) %>%
        
        dplyr::select("AD cohort", "LATE(+)", everything(), -test) %>%
        
        flextable::regulartable() %>%
        flextable::theme_booktabs() %>%
        flextable::font(fontname = "serif", part = "all") %>%
        flextable::autofit()

ここで、

print(nonnormal = T, printToggle = T, contDigits = 1, na.print = "")

の

printToggle

を TRUE にしておくと、エラーが起こったときに Toggle を表示してくれる。

これがヒントになって、エラーポイントを同定しやすくなる。

要素が2つだけの項目の表示法: showAllLevels = TRUE

例えば、性別を表示する時、男女どちらか片方だけの情報があればもう片方もわかるので、通常は片方の性だけを表示する。

けれども、他の項目で、両方の要素を表示したい場合も多い。

例えば下記の場合、AD コホートなので ADNC の4分類 "Not", "Low", "Int", "High" のうち、"Int" と "High" の患者さんしかいない。

なので、上の方の factor、"ADNC = High" のデータのみが表示されることになる。

ここは、"Int" と "High" 両方のデータを表示したい。

 

そんな時は、

print()

で

showAllLevels = TRUE

を追加する。

print(nonnormal = T, printToggle = T, contDigits = 1, na.print = "", showAllLevels = TRUE)

Data_AD %>% 
  tableone::CreateTableOne(vars = c(
    "Sex",
    "Age",
    "DiseaseDuration",
    "BrainWeight",
    "HS",
    "LBDSubtype",
    "ADNC"
    ),
    strata = "LATE",
    factorVars = c(
      "Sex",
      "HS",
      "LBDSubtype",
      "ADNC"
      ),
    testExact= T,
    testNonNormal = "wilcox.test"
    ) %>%
  print(nonnormal = T, printToggle = T, contDigits = 1, na.print = "", showAllLevels = TRUE) %>% 
  as.data.frame() %>% 
  mutate("AD cohort" = c(
    "n",
    "Sex (n, %)","",
    "Age at death (y, IQR)",
    "Disease duration (y, IQR)",
    "Brain Weight (y, IQR)",
    "Hippocampal sclerosis","",
    "LBD subtype",
    "ADNC (n, %)",""
    )) %>%

  dplyr::select("AD cohort", level, "LATE(+)", everything(), -test) %>%

  flextable::regulartable() %>%
  flextable::theme_booktabs() %>%
  flextable::font(fontname = "serif", part = "all") %>%
  flextable::autofit()

これで、全ての要素が出力されるので、それに合わせて下記事項を調節。

1.

mutate()

の数を、データの数に揃える

増えた要素の分だけ

"" "",

等を入れて数を調節する。

mutate("AD cohort" = c(
"n",
"Sex (n, %)","",
"Age at death (y, IQR)",
"Disease duration (y, IQR)",
"Brain Weight (y, IQR)",
"Hippocampal sclerosis","",
"LBD subtype",
"ADNC (n, %)",""
))

このとき

Toggle = T

が効力を発揮する。

2. "level" の位置を入れ替える

"level" という列が追加で表示されるので、項目名列のとなりにくるように調節。

dplyr::select("AD cohort", level, "LATE(+)", everything(), -test)

3. "level" の表示を消す

"level" という列名はいらないので、

rename()

で削除。

dplyr::rename(" "=level)

 

出力された表 ▼

無事に "ADNC" の "Int" と "High" が表示された。