【R Markdown】コードを隠す

例えば、R Markdownで簡単な表を作った場合、

```{r}
df_6h <- data.frame("1"=c("Cont_6h_1","LPS_6h_1"), "2"=c("Cont_6h_2","LPS_6h_2"), "3"=c("Cont_6h_3","LPS_6h_3"))
rownames(df_6h) <- c("A: Cont", "B: LPS" )
colnames(df_6h) <- c("1","2","3")

kableExtra::kbl(df_6h, align="c" ,
caption="LPS treatment 6h (6 well plate)" ) %>%
kable_styling(full_width = F) %>%
column_spec(1,background="#CCC") %>%
row_spec(0,background="#CCC")
```

knitすると、書いたコードまで現れる。

実験ノートの場合、ここのコードは重要じゃないので、このコードは隠してスペースを節約する。

コードを隠す：echo=FALSE

コードを表示させないようにするためには、コードチャンクに{echo=FALSE}と追記する。

```{r, echo=FALSE}
df_6h <- data.frame("1"=c("Cont_6h_1","LPS_6h_1"), "2"=c("Cont_6h_2","LPS_6h_2"), "3"=c("Cont_6h_3","LPS_6h_3"))
rownames(df_6h) <- c("A: Cont", "B: LPS" )
colnames(df_6h) <- c("1","2","3")

kableExtra::kbl(df_6h, align="c" ,
caption="LPS treatment 6h (6 well plate)" ) %>%
kable_styling(full_width = F) %>%
column_spec(1,background="#CCC") %>%
row_spec(0,background="#CCC")
```

これでknitすると、

余計なコードが省略された。

警告、メッセージ、テキスト出力、グラフ etc.を隠す場合

他にも色々オプションがある。

警告メッセージを隠す場合

```{r, warning=FALSE}
```

メッセージを隠す場合

```{r, message=FALSE}
```

テキスト出力を隠す場合

```{r, results='hide'}
```

グラフを隠す場合

```{r, fig.show='hide'}
```

Reference