RMarkdownをwordファイルにknitしようとしたとき、下記エラーメッセージが出て止まってしまった。 Error: pandoc document conversion failed with error 1 このエラーは、pandocが出力ファイル（Wordドキュメント）を作成または上書きする際にアクセス権限の問題が発生していることを示している。 で、なんで問題が発生してい […]
作表で使われるのは、{knitr}パッケージのkable()(=kbl())と{kableExra}パッケージの組み合わせや、{gt}パッケージ等。 臨床論文の最初に出てくる「Table1」を作るときにはtableone()も便利。 今回は、{knitr}パッケージのkable()(=kbl())と{kableExra}パッケージの組み合わせについての備忘録。 kbl()で作表 kb […]
例えば、R Markdownで簡単な表を作った場合、 ```{r} df_6h <- data.frame("1"=c("Cont_6h_1","LPS_6h_1"), "2"=c("Cont_6h_2","LPS_6h_2"), "3"=c("Cont_6h_3","LPS_6h_3")) rownames(df_6h) <- c("A: Cont", "B: LPS" ) coln […]
R Markdownのチャンクオプション（include など）は、コードチャンクやその出力の表示方法および動作を制御するために用いる。 これにより、レポートの構成や内容を柔軟にカスタマイズすることが可能となる。 RMarkdownのチャンクオプション色々 include オプション チャンク全体を出力に含めるか否かを制御するオプション。 include = TRUE: チャンクのコードと結果を出 […]
R Markdownをknitすると、下記エラーが出で止まった。 knit error: bkm [reaction mix] should only contain alphanumeric characters, ":", "-" and "_". ChatGPT先生に尋ねると、チャンク名にスペースが含まれているためエラーが出ているとのこと。 なので、チャンク名のところを、 `` […]
R Markdownをkinitしようとしたら、下記エラー。 processing file: xxx.Rmd Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src, markdown_mode) : Duplicate chunk label 'reaction mix', which has been used for the chunk:... Execu […]
とあるR Markdownファイルをdocx形式で出力しようとしたところ、以下のエラーが発生した。 Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output. HTML出力を行う関数がdocx出力を行うドキュメントに含まれているため、エラーが発生しているとのこと。 これ、YAMLヘッダーにal […]
Markdownで簡単な表を書いて、 Cont_6h <- c("Cont_6h_1","Cont_6h_2","Cont_6h_3") LPS_6h <- c("LPS_6h_1","LPS_6h_2","LPS_6h_3") plate_6h <- data.frame(Cont_6h,LPS_6h) %>% t() colnames(plate_6h) <- c("1 […]
前回、”openBinaryFile: invalid argument” の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission denied (Permission denied) あれ？なんで拒否られるの？ と思いながら検索すると、下記に答えが。 This might see […]
通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） ```{r, error=TRUE} 1 + "a" ``` アウトプットでは、下記のようにエラーの説明が入る。 Error in 1 + “a”: non […]
３行目をcolnamesにする前に “for” を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2)) } for(i in 7:10){ at1[3,i] <- paste("M_DN_",c(i-6)) } for(i in 11:14){ Da […]
RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference_docx: ./Settings/word_styles.docx" を「#」でコメントしたら普通に出力できた。 原因を調べると、下記に答えが。 reference […]
RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプトでやるほうが簡単な場合が多い。 外部の RMarkdown ファイルをチャンク内で読み込む場合 子ファイルの RMarkdown (child) を作成 子ファイル (child) […]
RMarkdownで記述→knit→記述→knit…という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 RStudio にも、wordpress のようにビジュアルモードとテキストエディタモードを切り替えて使うことができる。 例えば下記のような記述があって、 確 […]
RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書をRMarkdownで編集したい などの時に、Word → Markdown に変換する方法。 なお、今回参考にしたサイトは下記。 マニュアルで変換 内容が少なければ、 […]
先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場合は、 wordファイルで自分の目的に沿ってスタイルを変更し それを.docxファイルで保存して そのスタイルを参照する という方法をとる。 とゆーわけで、「word […]
RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマイズした。 RMarkdownのhtmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応 CSSを作る CSSはブログ等で使っている形式と同じ。 今回は変更したかった部分はフォント […]
R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_document: fig_width: 6 fig_height: 4 --- チャンク内で設定する チャンク内に下記のように記載する事で設定可能。 knitr::opts_ch […]
R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names コードをみると、rbind しようとしていた２つのデータの列の名前が一致していない……ということらしい……。 Data_all <- rbind(Dat […]
先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argument) 検索すると、同じエラーで困っている人達の投稿が…… 解決策の一つに、ディレクトリをクラウドからローカルに移すことを推奨。 ……最近、職場と自宅と両方で R を使う必要があ […]
ドキュメントの中身が長くなってくると、ほしいコードや文書がどこにあるかわかりにくくなる。 そんな時、ドキュメントのアウトラインを表示しておくと、内容を整理しやすいし、目的の場所にすぐジャンプすることができて便利。 アウトラインの表示 普段は下記のような表示設定。 右上の、アウトラインボタンを押すと、 スクリプトペインの右側にアウトラインが表示される。 スクリプトで、 # : h1タグ ## : h […]
R Markdownとは、RとMarkdownが結合されたもので、文章の表示とRの実行が同時にできる事が魅力の1つ。 R Markdownでは文章の中にコマンドを同梱できるため、ファイルが複数に散逸せず、整理しやすいという利点がある。 また、rmdファイルを送った相手に、解析内容を詳細に伝えられ、また相手側で簡単に再現できるという、 共同研究を行う上で最重要項目の1つ、「データを正しく共有」という […]
R Markdown で新規作成すると、ヘッダに日付が入力されるが、それを「現在の日時」にする方法。 現在の日付を記入: Sys.Date() Sys.Date() で、現在の日付を挿入できる。 私が設定している方法は下記 ▼ --- title: "title" author: "mom-doc" data: '`r format(Sys.Date(), "%B %d, %Y")`' --- & […]
R Markdown で使用するチャンクには、 {r チャンク名} でチャンク名をつける事ができます。 ほとんどの場合、チャンク名をつけなくても問題はないのですが、 cache オプションをつけるときには、チャンク名が重要な意味を持ってきます。 cache オプションとは cache オプションは「処理結果を保存する」という意味です。 チャンクのコードは、Knitする度に計算されます。 もし、演算 […]
