備忘録│momの雑記帳

【GitHub】commit & push（RStudio Terminal / Git Bash）

RStudio の Terminal から GitHub にコードを反映する方法の覚書。もちろん、Git Bash でも使える。 RStudio の反応が悪い時には、Git Bash から送信したほうが早い場合も多い。今回は、研究コード管理で頻用する commit → push（Terminal編）をまとめておく。 GitHubに変更を反映する（commit & push）の基本 […]

【RStudio】作成済みの GitHub リポジトリを URL 経由で RStudio に Clone する

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。今回は、GitHub に作成していたリポジトリを RStudio に Clone する方法。作成済みの GitHub リポジトリを RStudio に Clone する GitHub リポジトリの URL をコピーする GitHubに移動し、左上のGitHubのアイコンをクリック。任意のリポジトリを選択。リポジトリ画面に […]

【RStudio】RStudio のプロジェクトを URL 経由でGitHub と連携

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。前回、RStudioとGitとの連携まで行った。今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はURLを使う方法（SSHより簡便。）事前準備事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携方法は下記参照。 […]

【GitHub】リポジトリを作成

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 GitHubでリポジトリ（Repository）を作成 GitHubのアカウントへ移動し、Dashboardの左上にある「New」ボタンをクリック。 Repository nameをつける（今回は”test”） PublicかPrivateを選択。 Publicにすると全世界に公開される。Private […]

【Outlook】メール内の画像が「☒」になって見られないときの対処法

Outlookでメールを開いたときに画像がブロックされ、「☒」と表示されて見えなくなっていた。これはセキュリティ保護のため、Outlookが既定で外部からの画像ダウンロードを無効化しているために起こる。安全重視は良いことだけれど、信頼できる送り主からの画像が見られないと困る。とゆーわけで、以下、設定方法。 Outlookで画像が「☒」となって表示されないときの対処法 1. Ou […]

Windowsの時計をクリックしてもカレンダーが出ないとき

ある日、画面左下の「日付と時刻」をクリックしても、いつも出てくるはずのカレンダーがポップアップしなくなった。普段は予定確認に使っているので、出てこないと地味に不便だった。症状左下の時計をクリックしても無反応。本来表示される「カレンダーと予定表」が出ない。結論エクスプローラー（Windows Explorer）の再起動で即解決。手順 Ctrl + Shift + Esc を押して「タスク […]

Windowsの時計をクリックしてもカレンダーが出ないとき

ある日、画面左下の「日付と時刻」をクリックしても、いつも出てくるはずのカレンダーがポップアップしなくなった。普段は予定確認に使っているので、出てこないと地味に不便だった。症状左下の時計をクリックしても無反応。本来表示される「カレンダーと予定表」が出ない。結論今回は、「エクスプローラー（Windows Explorer）の再起動」で即解決した。手順 Ctrl + Shift + Esc […]

Dドライブに勝手にできた、管理者権限のフォルダを削除

ある日気づいたら、Dドライブに「Program Files」ができていた。中身は空。Cドライブにはちゃんと存在しているから、Dにあるのは完全にいらないシロモノ。ただ、右クリックで消そうとすると「SYSTEMの権限が必要です」みたいなエラーが出て削除できない。…こういうのはちょっと厄介。今回は、試行錯誤して、これを無事に消去するまでの備忘録。管理者権限のフォルダを削除フォルダの中身が空であ […]

Rで使う正規表現の色々

Rでよく使う正規表現のパターンを、カテゴリー別に整理してみた。 Rで使用する正規表現いろいろ文字の検索・位置指定に関するパターンパターン説明例 ^ 文字列の先頭を指定 ^Hello は “Hello World” に一致 $ 文字列の末尾を指定 World$ は “Hello World” に一致 \\b 単語の境界 (word bounda […]

【RMarkdownトラブルシュート】Error: pandoc document conversion failed with error 1

RMarkdownをwordファイルにknitしようとしたとき、下記エラーメッセージが出て止まってしまった。 Error: pandoc document conversion failed with error 1 このエラーは、pandocが出力ファイル（Wordドキュメント）を作成または上書きする際にアクセス権限の問題が発生していることを示している。で、なんで問題が発生してい […]

【Google Search Console】HTTP marked with canonical tag

先日、日録のカテゴリーをサブドメインに移動した。思っていたよりも簡単にできたけど、SEO的に必要な項目を抑えているかどうか不安が残るところ。とゆーことで、サブドメインに記事を移動した後、ちょくちょく ”Google Search Console” で確認していた……ある日。 “HTTPS”のところで “Non-HTTPS URLs” が1件表示さ […]

【VSCode】VSCodeにGitHub Copilotを導入

先日、RStudioにGitHub Copilotを入れて、かなり使いやすいと感じたので、（順番が逆ですが）VS Codeにも導入することにしました。以下、導入方法と使い方についてまとめておきます。事前準備事前準備として必要なこと VS Codeのインストール GitHub Copilotをサブスクリプション GitHub Copilotのサブスクリプションの方法は下記参照。 GitHu […]

【RStudio】RStudio に GitHub Copilot と chattr を取り込む

RStudioにCopilotとchattrを導入すると、かなりの時短につながり、一度取り込むと、元には戻れぬ……。双方の得手不得手は、こちらの比較サイトを参照 ▼ GitHub CopilotとChatGPTのざっくりとした違い GitHub Copilot Copilotは、GitHubのAIによるコーディングアシスタント。色々と機能はあるけれど、最も重宝されている機能は、I […]

【RStudio】GitHubのブランチ（Branch）を作って作業する

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioとGitHub間のコードのやり取り（Pull/Push）を行いました。もう一人用のアーカイブとしてはこれで十分だと思いますが、一応、ブランチの作成までさらっと記録に残しておきます。ブランチ（Branch）を作る必要性のある場面ブランチが威力を […]

【RStudio】GitHubのリポジトリからRStudioに「Pull」

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioで作成したコードをGitHubに送りました。今回は逆に、GitHubからコードを取得する方法。準備1：各種インストールと相互連携事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウ […]

【RStudio】RStudioで作成したスクリプトを「Commit」→「GitHubにPush」

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了しました。今回からいよいよ、RStudioのスクリプトをGitHubに送ったり、逆にGitHubからスクリプトを取得したりします。事前準備事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作 […]

【RStudio】RStudio のプロジェクトを SSH 経由でGitHub と連携

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はSSHを使う方法。事前準備事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携方法は下記参照。 SSHの設定 GitHubと接続する際、HTTPSを使う方法と、S […]

【RStudio】RStudio を Git と連携

RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ伝える（Configuration） RStudioでローカルリポジトリの作成とGitの「Initial commit」 GitHubのアカウント作成 SSH鍵の設定と認証（※op […]

【Rで作表】{knitr}パッケージのkable()と{kableExtra}パッケージの組み合わせ

作表で使われるのは、{knitr}パッケージのkable()(=kbl())と{kableExra}パッケージの組み合わせや、{gt}パッケージ等。臨床論文の最初に出てくる「Table1」を作るときにはtableone()も便利。今回は、{knitr}パッケージのkable()(=kbl())と{kableExra}パッケージの組み合わせについての備忘録。 kbl()で作表 kb […]

【R Markdown】コードを隠す

例えば、R Markdownで簡単な表を作った場合、 ```{r} df_6h <- data.frame("1"=c("Cont_6h_1","LPS_6h_1"), "2"=c("Cont_6h_2","LPS_6h_2"), "3"=c("Cont_6h_3","LPS_6h_3")) rownames(df_6h) <- c("A: Cont", "B: LPS" ) coln […]

Git／GitHubの環境構築

これまで、Rのスクリプトやプロジェクトの管理を、職場のサーバーに諸々保存して、リモートデスクトップで編集して、、、とゆー感じでやっていました。けれど、新しい職場はセキュリティ対策的なもので、しょっちゅうネットワークがリセットされるし、繋がらなくなったりするし⋯⋯で、仕事のパフォーマンスがだだ下がり orz…。でも、今更自宅にサーバーを構築するのも時間かかるし⋯⋯とゆーことで、以前ア […]

【Outlook】送信メールの取り消し/やり直し

メールを送信した後で、「しまった！間違えた！」という時がある。 Gmailだったら、完全送信までに30秒間の猶予を与えてくれるけど、Outlookの場合はそのまま送ってしまうよう。でも、相手が未読の状態だったら、「送信取り消し」や「送信のやり直し」が可能。送信メールの取り消し／やり直し送信フォルダから、取り消し／やり直ししたいメールを選択し、ダブルクリックでポップアウトさせる。左上の「Fi […]

【Google Sheet】カレンダー（Date Picker）を表示する

グループ内でのスケジュール管理などに何かと便利なGoogle Sheet。日付をカレンダーからピックアップしたいときは、Date Pickerにしておくと便利。 Date pickerの表示方法 1．対象のセルを選択。 2．右クリック→View more cell actions→Data validation 3．Criteriaのところで “Is valid date” […]

【Rトラブルシュート】Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): namespace ‘cli’ 3.3.0 is already loaded, but >= 3.6.1 is required

”tidyverse”のfunctionがない、というエラーメッセージが出たので、アンインストール／再インストールを試みた。 remove.packages("tidyverse") install.packages("tidyverse") library(tidyverse) するとここでまたエラーメッセージ。 Error: package or namespace load fa […]