【Rベーシック】Factor 内の順序を入れ替える
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例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer's Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82 […]
「研究関連備忘録」の記事一覧
【Rトラブルシュート】glm 関数でのエラー：Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in ‘y’
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先日、多重ロジスティック回帰分析を行っていて、下記の様に入力していたら、 model <- glm(LATE ~ Age + Sex + DLBType + ADNC, data = Data_L) 下記のエラーが […]
【Rベーシック】NA とは何か？
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「NA」とは、「Not Available」の略。 欠損値の場合もあるし、「認識できない」ときにも表示される。 TRUE #1 で表される FALSE […]
【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
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共分散分析 (analysis of covariance, ANCOVA) は、 従属変数が「連続型」の場合、1つ以上の独立変数がその連続型の共変量に影響を及ぼしているかどうか調べる時に使う。 「共変量を用いる」という […]
【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
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回帰分析をする際、 目的変数が Yes or No などの２つだと、通常のロジスティック回帰を行うが、 これが、例えば Not, Low, Intermediate, or High のように、 ３つ以上の場合は、順序ロ […]
【PowerPoint】プレゼンテーションを記録して保存する
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ちょっと前、自分のプレゼンテーションの内容を録画・録音して送る必要があったので、その方法を書き留めておく。 2つ方法があるけれど、個人的には「画面録画」を使う方法の方が便利だと思う。 「画面録画」を使って録画・録音する方 […]
【Excel】IF関数とAND関数の組み合わせ
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先日、下記のような一塩基多型データを受け取った。 その場所のSNPは C or T。 このデータから、 a1/a2 ともに C だったら「CC」 a1/a2 の片方が C で片方が T だったら「CT」 a1/a2 とも […]
【Rベーシック】データ整理：factor と numeric の変換
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これからデータ整理の色々と書き留めていく予定。 まず、とあるcsv データを取り込み。 取り込みの方法は下記 ▼ Data1 is.integer(x) [1] FALSE > is.numeric(x) [1] TRU […]
インパクトファクター2020 (2021年発表) (Quartile 1, IF ≧ 5)
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先日発表された、2020年度のインパクトファクター (Impact Factor, IF)。 総ジャーナル数は 20,932 誌。 ざっとみた感じ、どの雑誌も軒並み IF が上がっているように見えますが、なぜでしょうか？ […]
インパクトファクター2020 (2021年発表) (脳神経科学系)
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先日発表された、2020年度のインパクトファクター (Impact Factor, IF)。 総ジャーナル数は 20,932 誌。 脳神経科学編を Quartile 毎にリストアップしました。 （生命科学系は こちら） […]
【Rベーシック】データのインポート
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エクセルのデータを R にインポートする方法。 csv ファイル エクセルデータを csv ファイルに保存してインポートするのが最も一般的。 CSV ファイルとは CSV ファイルは、「comma Separated V […]
Visual Studio Code で R の実行環境を整える
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RStudio は、R の IDE として大変使いやすいけれど、マルチカーソルがちょっと使いづらい…… とゆーことで、VSCode で R を動かせるように設定した時の備忘録。 必要なインストール類は下記。 ＜必須＞ R […]
【R Markdown】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
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先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argum […]
【PowerPoint】デフォルトのテーマとデザインを設定しておく方法
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パワーポイントでプレゼン資料を作る時、私は毎回同じ設定で作っています。 でも、最初にパワーポイントを開いたときから、その設定にしておきたいと思い、 今回、自分用テンプレートを作りました。 以下、その方法。 PPTを開き、 […]
【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定）
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Demographics を Table で出す時、 正規分布していたら 平均値と標準偏差（standard devision, SD） 正規分布していなかったら 中央値と四分位範囲（inter quartile ran […]
【Word】共著者とのやりとりに欠かせない Word 機能：「校閲」と「比較」
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論文の原稿を書いて、共著者に見てもらいたい時、「校閲」機能を使っている人は多いと思います。 この機能のおかげで、共著者達がどこを修正したのか、ひと目でわかるようになり、 修正した方がよいかオリジナルの文書の方がよいかなど […]
【RStudio】パッケージを読み込めないとき
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先日、今まで普通につかえていた R Markdown ドキュメントを開いて Knit しようとしたら、途中でエラー表示がでました。 内容は、「tidyverseがインストールされていない」というもの。 Error in […]
【Excel】フィルター & ソート（並べ替え）機能
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今更だけど、エクセルのフィルターとソート機能って便利だな－と思うので、必要な誰かのために記録。 フィルターで要らない行を隠す 例えば下記データがあって、"D: FreezerLocation" が空欄の行は使わない場合 […]
【Rベーシック】データ型とデータ構造
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データ型とデータ構造の覚え書き。 データ型 データ構造を調べたり変換したりする場合は、下記関数が用意されている。 データ型には以下の関数が用意されている。 データ型 データ型を調べる データ型を変換する モード mode […]
【Excel】空行を一括削除する方法
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先日同僚から、下記のように１行空きの状態の Excel データが送られてきた。 このまま R に取り入れるんだったら問題ないんだけど、今回は Excel のままで作業するために、空行を削除。 1,2行の場合："Ctrl […]
【Rトラブルシュート】caret がインストールできなかった件
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caret を install.pakages ("caret") でインストールしようとしたら、 Error in install.packages : object 'caret' not found となってインス […]
【Excel】Excelマクロを使って、作業時間を大幅に短縮する
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仕事をしていると、結構同じ作業が必要なことが多い。 例えば私の場合、 ラボのデータベースから情報を取り出して、エクセルでダウンロードする。 このとき、色々なDx名がやたら長いので、全部省略したい。 e.g. Alzhei […]
【R Markdown】アウトラインの表示
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ドキュメントの中身が長くなってくると、ほしいコードや文書がどこにあるかわかりにくくなる。 そんな時、ドキュメントのアウトラインを表示しておくと、内容を整理しやすいし、目的の場所にすぐジャンプすることができて便利。 アウト […]