ママ研究者の雑記帳

3人の子持ち研究員の、海外・研究・育児生活あれこれ

「研究関連備忘録」の記事一覧

ImageJ-Fiji

【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き

前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する(今回は、 […]
logo-Photoshop-ImageJ

ジャーナルから “photoshopで画像のコントラストを調節したら駄目ですよ” と指摘された件

先日、投稿先のジャーナルから 「レビューアーのレビューは終わったんだけど、ジャーナルのルーチンチェックで画像に懐疑的な問題が指摘されたので、対応してください。」 という旨のメールが届き、一気に心拍数が上昇しました。 ―― […]
r-remove-legend

【Rで作図】レジェンドを消す

グラフを作っていて、「レジェンド要らないな」と思って消した時の備忘録。 方法はいくつかあるけど、使い勝手が良かったのは、themeに "legend.position = "none"を追加する方法。 theme(leg […]
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【Rで統計】カイ二乗検定

カイ二乗検定とは カイχ二乗検定というと、一般にピアソンのカイ二乗検定を指す事が多い。 仮説によって、適合度検定や独立性の検定などがある。 基本はt検定と似ているけれど、t検定が「2つの群の連続変数(numerical […]
R logo

【Rの設定】基本言語を変更

この間、R と RStudio でバグが起こって全インストールし直したら、エラーメッセージが日本語に変わっていた。 どうやら、再インストールする時に疲れていて言語選択をスキップしてたみたい……。   別に日本語 […]
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【Rデータ整理】クロス集計表

カテゴリデータの集計表⇔データフレームの切り替え。 クロス集計表 例えば、 運動あり 運動なし 認知症あり 10 15 認知症なし 20 5 のようなデータの集計表を作る時。 基本は行列で作る。 行列(matrix)で作 […]
RStudio-logo-1

【RStudio】RStudio Cloud を使う

私は、自宅PCと職場PCの2箇所でRStudioを利用していますが、時々データをクラウドに上げ忘れたりして困る事があります。 リモート接続で自宅PC⇔職場PCに入り、リモートでデータをクラウドに上げる、という方法で対処し […]
R logo

【Rデータ整理】tidy data に変換する

↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサ […]
RMarkdown

【R Markdown】ビジュアルモードで記述

RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
word-logo

【Word】辞書機能を賢く利用する

他の人の原稿を添削する時によく気になるのが、「スペルチェック」のnotificationを無視している事。 例えば以下のような原稿。  "amylacea" という単語の下に赤の波線が引かれていて、「スペルミスじゃないで […]
RMarkdown

【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更

先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。   htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
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【Rデータ整理】欠損値(NA)の取り扱い方①:欠損値/欠損値以外のデータの抽出方法

データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 データのインポートと欠損値(NA)の抽出、欠損値行を避けて抽出する方法 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄 […]