Markdownで簡単な表を書いて、
Cont_6h <- c("Cont_6h_1","Cont_6h_2","Cont_6h_3")
LPS_6h <- c("LPS_6h_1","LPS_6h_2","LPS_6h_3") plate_6h
<- data.frame(Cont_6h,LPS_6h) %>% t()
colnames(plate_6h) <- c("1","2","3")
knitr::kable(plate_6h, caption="LPS treatment (6h)" )knitした時に、
the execution halted because of the Error in match.fun(FUN)' object 'spaces' not found Calls'...padwidth -> Vspaces -> unlist -> lapply -> match.fun. となって止まった。
でも、チャンク内ではちゃんと動く。
⋯⋯何が悪いのか？
可能性1：functionやpackagesがない、もしくは古い
調べると、このようなエラーは、必要なfunctionやpackageがインストールされていない時に起こる事が多いらしい。
つまり、過去にインストールしていて記録に残っているからチャンク内では動くけど、knitするとfunctionやpackagesがないからエラーになると。
多いのは、
dplyrやknitr。
で、入れ直してみた。
library(dplyr)
library(knitr)またpackagesが古い可能性もあるらしく、一度UPDATEしてみるとよいとも。
なので、アップデートもしてみた。
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エラー変わらず。
可能性2：パイプで引っかかっている
パイプ%>%の後のt()が引っかかっている可能性もあるらしい。
なので、ちゃんと書き出してみる。
Cont_6h <- c("Cont_6h_1", "Cont_6h_2" , "Cont_6h_3" )
LPS_6h <- c("LPS_6h_1", "LPS_6h_2" , "LPS_6h_3" )
plate_6h <- t(data.frame(Cont_6h, LPS_6h))
colnames(plate_6h) <- c("1", "2" , "3" )
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変わらず。
結局解決した方法：formatを指定
上記以外にも色々試してみたけど、最終的に解決した方法は、knitr::kableでformatをhtmlに指定したこと。
knitr::kable(plate_6h, caption = "LPS treatment (6h)", format = "html")
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やれやれ。。。
