read.csvでダウンロードしたCSVファイルを開こうとしたら、 read.csv("D:/Downloads/New_file.csv") 下記メッセージ。 Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : invalid multibyte string at '<83>|<81>[' 困ったなと思って調べる […]
下記コードを書いて、scale_fill_manualでバーグラフの色を指定したけど、効かなかった。 p1 <- ggplot(df_6h, aes(x=Sample.name, y=Rel.Exp)) + stat_summary(fun=mean, geom="bar", colour="black" ) + scale_fill_manual(values=c("Cont"="whit […]
grepで特定の行を抽出しようとして下記コードを書いたら、 data=c <- Data[grep("Int", Data$ADNC, invert=T)] 下記メッセージ。 Error in `[.data.frame`(Data, grep("Int", Data$ADNC, invert = F)) : undefined columns selected あれ？と思って […]
久しぶりにRで作図していたら、下記メッセージ。 Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ℹ Please use `linewidth` instead. あれ？今までこんなメッセージ出てなかったのに……と思って調べると、ggplot2 3.4.0からは、線の太さを「size」ではなくて「li […]
R Markdownをknitすると、下記エラーが出で止まった。 knit error: bkm [reaction mix] should only contain alphanumeric characters, ":", "-" and "_". ChatGPT先生に尋ねると、チャンク名にスペースが含まれているためエラーが出ているとのこと。 なので、チャンク名のところを、 `` […]
R Markdownをkinitしようとしたら、下記エラー。 processing file: xxx.Rmd Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src, markdown_mode) : Duplicate chunk label 'reaction mix', which has been used for the chunk:... Execu […]
とあるR Markdownファイルをdocx形式で出力しようとしたところ、以下のエラーが発生した。 Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output. HTML出力を行う関数がdocx出力を行うドキュメントに含まれているため、エラーが発生しているとのこと。 これ、YAMLヘッダーにal […]
Markdownで簡単な表を書いて、 Cont_6h <- c("Cont_6h_1","Cont_6h_2","Cont_6h_3") LPS_6h <- c("LPS_6h_1","LPS_6h_2","LPS_6h_3") plate_6h <- data.frame(Cont_6h,LPS_6h) %>% t() colnames(plate_6h) <- c("1 […]
あるコードをcsvで書き出し、 # CSV で書き出し write.csv(Data, "file_name.csv", row.names = FALSE) それを別アプリで開こうとすると、下記エラーメッセージが出現した。 でも、エクセルから保存した csv ファイルは普通に work する……。 で、Rから write.csv() で出力したファイルをエクセルで開き、そのまま . […]
R で if 構文を使うときに時々遭遇する下記エラーメッセージ。 the condition has length > 1 and only the first element will be used 例えば、下記のようなデータフレームで、 “Region” 列の “Ctx-” の “-” だけ取り除きたいと思った時、 […]
前回、”openBinaryFile: invalid argument” の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission denied (Permission denied) あれ？なんで拒否られるの？ と思いながら検索すると、下記に答えが。 This might see […]
ある日、Rを使っていて、突然 “tidyverse” が使えなくなった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace まずは下記に倣って、 “rlang” の再インストールを試みた。 remove.packages("rlang") i […]
列名を変更しようとして colnames() を使った時に下記エラーメッセージ。 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions 下記フォーラムの回答によると、 列名の数が足りないときにこのエラーメッセージが出てくる様子。 ……そうだった。colnames だと、全部の […]
今までサクサク動いていたコードで、カラーコードだけ変更したつもりでRUNしたら、最後にグラフを ggsave で保存する時に下記メッセージ↓。 Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer 下記フォーラムの回答によると、 数値が来るべき所に文字列とかNAとか、別のものが紛れ込んでいると出てくるメッセ […]
３行目をcolnamesにする前に “for” を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2)) } for(i in 7:10){ at1[3,i] <- paste("M_DN_",c(i-6)) } for(i in 11:14){ Da […]
RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference_docx: ./Settings/word_styles.docx" を「#」でコメントしたら普通に出力できた。 原因を調べると、下記に答えが。 reference […]
Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして directory <- ("./フォルダ名") から directory <- ("./フォルダ名/") に変更したり、 作業ディレクトリを一個上の階層 […]
R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: attempt to use zero-length variable name 調べると、Rチャンクの一部を普通のRスクリプトの様に実行すると、Rはこのコードを全てのRコードとして実行 […]
パッケージ “ggsignif” をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’ なので、下記ページを参照して、 install.packages("remotes […]
あるデータフレームに論理型（factor）の列を追加しようとして、下記のように作成した。 Data <- %>% mutate(Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE(-)", "LBD-LATE(+)", "AD-LATE(-)", "AD-LATE(+)", "LBDAD-LATE(-)", "LBDAD-LATE(+)")) そして […]
ある病理のスコアで、Brainstem (BS) が NA の項目があったので、 “Midbrain(MB) と Pons(Pons) と Medulla (Med) のどこかで 1 以上のスコアがあったら、BS = 1, それ以外だったら BS = 0” としたくて、下記のようにコードを書いた。 z <- which(is.na(Data_all$BS)) Data […]
“longer object length is not a multiple of shorter object length” のエラーメッセージが出たら、 それは、指示したベクター同士の長さがあっていないという事。 例えば、 x = c(1,2,3,4,5) y = c(1,2,3,4,5,6,7,8) z = x + y と指示した場合、ベクターxとベクターyの長さ […]
ある日、今までサクサク動いていた “Run All Chunks Above” ボタンが、全く反応しなくなりました。 Ctrl+Alt+Shift+P を押してもダメだし、 右上の、”Run” タブから “Run All Chunks Above” を選択してもダメ…… “Run Current Ch […]
R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names コードをみると、rbind しようとしていた２つのデータの列の名前が一致していない……ということらしい……。 Data_all <- rbind(Dat […]
ある時、R でコードを打つ度に、”R code execution error” という warning sign に遭遇するようになりました。 普通に仕事は進められるけど、警告の度に作業がストップされるので、ちょっと annoying… 対処法について調べると、下記に答えが。 R の再起動 (d.g. .rs.restartR()) […]
この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %>% rename(LATE = "TDP") output Error in rename(., LATE = "TDP") : unused argument (LATE = […]
先日、多重ロジスティック回帰分析を行っていて、下記の様に入力していたら、 model <- glm(LATE ~ Age + Sex + DLBType + ADNC, data = Data_L) 下記のエラーが出た。 Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in […]
先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argument) 検索すると、同じエラーで困っている人達の投稿が…… 解決策の一つに、ディレクトリをクラウドからローカルに移すことを推奨。 ……最近、職場と自宅と両方で R を使う必要があ […]
caret を install.pakages ("caret") でインストールしようとしたら、 Error in install.packages : object 'caret' not found となってインストールできなかった。 下記に答えが ▼ install.packages('caret', repos='http://cran.us.r-project.org') […]
ある日突然、今までできていた パッケージのインストールができなくなることが時々ある。 今回は、’tidyverse’ を読み込もうとしたら、下記メッセージが出てきて止まった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’: package ‘rlang’ does not have a namespace … […]
Rの環境を変えて、パッケージを再インストールしようとしたら、下記エラーが表示された。 「代わりに新しいライブラリを構築しますか？」 的な事を効かれたので、「YES」としたのに、また下記メッセージ。 「結局ダメってことじゃん。」 と、文句を言っても始まらないので、Google先生に聞いてみたところ、解決したので、その備忘録 （参考サイトは記事末にまとめています）。 Rパッケージをインス […]
