2023年 今年のブレイクスルー研究（Science）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 諸事情で、帰国後ほとんど post 出来なかった Self Journal Club ですが、少し the shape of the land が見えてきたように思うので、こちらも徐々に復活させていきたいです。 まずは、毎年楽しみにしている Science の Breakthrough of the Year から。 20 […]
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2023年12月
【ファイルエクスプローラー】ファイル名を一括で変更
これまで、ファイル名をハイフン “-” で区切っていたけど、諸々の事情でアンダースコア “_” に変更することに。 でも、一つ一つ手作業で変更するのは大変。 ……とゆーことで、ファイルエクスプローラー内のフォルダ名やファイル名を一括で変更する方法の備忘録。 いくつか方法があるけど、私はWindowsを使っているので、PowerShellを使って一括変 […]
【Rデータ整理】文字列や数値の抽出：str_extract／str_extract_all／readr::parse_number
文字列の抽出には、stringrパッケージのstr_extract()やstr_extract_all()を使う。 また、数値の抽出には、readrパッケージのparse_number()も使える。 3つの関数のざっくりとしたイメージは以下の通り。 str_extract(), str_extract_all(), parse_number()の特徴 str_extract()：最初の一致を抽出 […]
【Rデータ整理】マッチするかどうかを返す：str_detect／grepl
特定の条件にマッチするかどうかを判定する関数には、str_detect() と grepl()を使うことができる。 str_detect() は stringr パッケージの関数で、grepl() はRの標準パッケージ（base）。 どちらとも正規表現が使える。 シンプルな検出なら grepl() でもよいけれど、str_detect()の方が汎用性が広いので、こちらをよく使っている。 また、st […]
【Rデータ整理】文字列のマッチする箇所の数を返す：str_count
str_count(string, pattern) は、文字列内に正規表現pattern がいくつ出現するかをカウントする関数。 この関数は、stringr パッケージに含まれているので、まずは、library(stringr) でパッケージを読み込む。 install.packages("stringr") library(stringr) str_count() str_count()の基本 […]
【Rデータ整理】文字列を繰り返し複製する：str_dup／strrep
文字列を繰り返し複製する時には、str_dup() と strrep()などを使う。 str_dup()：stringrパッケージの関数で、ベクトル化が簡単、使い方が直感的。 strrep()：base R (標準関数)の関数で、追加パッケージのインストールは不要。 類似の関数にrep()があるけど、これは、ベクトル全体を繰り返すのに使う。str_dup()とstrrep()は文字列 […]
【Rデータ整理】文字列のフォーマットを変更する：str_to_upper／str_to_lower／str_to_title／str_to_sentence
文字列のフォーマットを変更する時には、stringrパッケージに含まれているstr_to_upper(), str_to_lower(), str_to_title(), str_to_sentence()等を使う。 文字列のフォーマットを変更する関数 大文字にしたい → str_to_upper() 小文字にしたい → str_to_lower() タイトルケースにしたい → str_to_ti […]
【Rデータ整理】文字列vector要素を繋げて1つの文字列にする：str_flatten／paste0
あるvectorの要素を繋げて一つの文字列にしたい場合、str_flatten()やpaste0()を使う。 どちらも文字列を結合（連結）するための関数だけれど、使い方や挙動にいくつかの違いがある。 str_flatten() str_flatten() は、stringrパッケージの関数で、ベクトル内の要素を1つの文字列に結合するために使う。 ベクトル内の各要素を、collapseの区切り文字で […]
【Rデータ整理】文字列の抽出や置換：str_sub／substr
文字列を部分的に抽出したり、置換したりするときには、R標準パッケージ（base）のsubstr()、もしくは stringrパッケージならstr_sub()を使う。 substr()とstr_sub()の違い substr() は、Rの標準関数で、インストール不要でどこでも使える。 str_sub() は、stringrパッケージの関数で、可読性が高く、機能が充実。 実際には、以下の […]
【Rデータ整理】文字列の長さを数える：str_length／（nchar）
文字列の中の文字数をカウントする方法としては、R標準パッケージ（base）に含まれるnchar()関数や、stringrパッケージのstr_length()関数等を使う。 ここでは主にstr_length()関数についてまとめておく。 str_length() str_length() の基本構造 str_length(string) 引数 string: 文字列または文字ベクトル。str_len […]
【Rデータ整理】データフレームの結合：dplyr::join
2つのデータフレームを結合するときには、dplyr::join()関数を使う。 join()関数は、dplyrパッケージの関数なので、まずはdplyrパッケージをインストールして読み込む必要がある。 install.packages("dplyr") library(dplyr) ただし、join()という関数自体はdplyrには存在せず、inner_join()、left_join()、righ […]
【Rデータ整理】rownames()の使い方色々
Rのrownames()関数は、データフレームや行列（matrix）の行名（row names）を取得または設定するための関数。 基本的な使い方 行名を取得する rownames(データフレームまたは行列) 例： df <- data.frame(A=1:3, B=c("X", "Y" , "Z" )) rownames(df) # 行名を取得 output [1] "1" "2" "3" […]
R標準パッケージ（base）とstringrパッケージはどちらが速いのか？
前回、R標準パッケージ（base）とstringrパッケージの比較をしてみて、「処理速度は、場合によってはbase、場合によってはstringrの方が速い」ということがわかった。 で、具体的にどのときにbase、どのときにstringrが速いのか、調べてみた。 処理速度に関する違い stringr の方が速い場合 ベクトル化された処理が可能なため、stringrの方が速くなることがある。 一貫した […]
【Rベーシック】リスト (List) を他の型に変換：unlist()
とあるデータをインポートし、数セル分だけ抽出。 # データのインポート df1 <- read_excel("Data/data.xlsx", sheet="mom" ) df2 <- filter(df1, df1$...3=="Unknown" ) RefGene <- df2[df2$...5=="GAPDH" , "...6" ] ここでRefGeneはリスト型で返ってく […]