2023年 今年のブレイクスルー研究（Science）
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年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 諸事情で、帰国後ほとんど post 出来なかった Self Journal Club ですが、少し the shape of the land […]
Year: 2023年
【Rデータ整理】文字列や数値の抽出：str_extract／str_extract_all／readr::parse_number
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str_extract(), str_extract_all(), readr::parse_number() は、Rにおける文字列のパターン抽出や数値の抽出に便利な関数です。 以下に、それぞれの関数の使い方、特徴、例を […]
【Rデータ整理】マッチするかどうかを返す：str_detect／grepl
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特定の条件にマッチするかどうかを判定する関数には、str_detect() と grepl()を使うことができる。 str_detect() は stringr パッケージの関数で、grepl() はRの標準パッケージ（ […]
【Rデータ整理】文字列のマッチする箇所の数を返す：str_count
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str_count(string, pattern) は、文字列内に正規表現pattern がいくつ出現するかをカウントする関数。 この関数は、stringr パッケージに含まれているので、まずは、library(str […]
【Rデータ整理】文字列を繰り返し複製する：str_dup／strrep
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文字列を繰り返し複製する時には、str_dup() と strrep()などを使う。 str_dup()：stringrパッケージの関数で、ベクトル化が簡単、使い方が直感的。 strrep()：base R (標準関数) […]
【Rデータ整理】文字列のフォーマットを変更する：str_to_upper／str_to_lower／str_to_title／str_to_sentence
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文字列のフォーマットを変更する時には、stringrパッケージに含まれているstr_to_upper(), str_to_lower(), str_to_title(), str_to_sentence()等を使う。 こ […]
【Rデータ整理】文字列vector要素を繋げて1つの文字列にする：str_flatten／paste0
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あるvectorの要素を繋げて一つの文字列にしたい場合、str_flatten()やpaste0()を使う。 どちらも文字列を結合（連結）するための関数だけれど、使い方や挙動にいくつかの違いがある。 str_flatte […]
【Rデータ整理】文字列の抽出や置換：str_sub／substr
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文字列を部分的に抽出したり、置換したりするときには、R標準パッケージ（base）のsubstr()、もしくは stringrパッケージならstr_sub()を使う。 substr()とstr_sub()の違い subst […]
【Rデータ整理】文字列の長さを数える：str_length／（nchar）
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文字列の中の文字数をカウントする方法としては、R標準パッケージ（base）に含まれるnchar()関数や、stringrパッケージのstr_length()関数等を使う。 基本的には、str_length()関数を使うこ […]
【Rデータ整理】データフレームの結合：dplyr::join
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2つのデータフレームを結合するときには、dplyr::join()関数を使う。 join()関数は、dplyrパッケージの関数なので、まずはdplyrパッケージをインストールして読み込む必要がある。 install.pa […]
【Rデータ整理】rownames()の使い方色々
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Rのrownames()関数は、データフレームや行列（matrix）の行名（row names）を取得または設定するための関数。 基本的な使い方 行名を取得する rownames(データフレームまたは行列) 例： df […]
R標準パッケージ（base）とstringrパッケージはどちらが速いのか？
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前回、R標準パッケージ（base）とstringrパッケージの比較をしてみて、「処理速度は、場合によってはbase、場合によってはstringrの方が速い」ということがわかった。 で、具体的にどのときにbase、どのとき […]
【Rベーシック】リスト (List) を他の型に変換：unlist()
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とあるデータをインポートし、数セル分だけ抽出。 # データのインポート df1 <- read_excel("Data/data.xlsx", sheet="mom" ) df2 <- filter(df1, […]
【Rトラブルシュート】ggplot2 で “scale_fill_manual” が効かないとき
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下記コードを書いて、scale_fill_manualでバーグラフの色を指定したけど、効かなかった。 p1 <- ggplot(df_6h, aes(x=Sample.name, y=Rel.Exp)) + sta […]
【RStuido】パッケージをアップデート
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古いバージョンのパッケージを使っている場合、互換性の問題を引き起こす事がある。 この場合、update.packages()でパッケージをアップデートすると良い。 update.packages() アップデートが必要な […]
テプラの無線接続設定いろいろ
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職場で、キングジムのテプラPRO SR599Pを購入。 このテプラ、PC上でデザインして、無線で印刷できるスグレモノ。 ……なんだけど、無線の設定に手間取ったので、同僚のPC設定のために備忘録。 いくつか方法があるけど、 […]
Creative Cloud のアイコンに紐づけするアカウントを変更
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今まで、個人で Adobe Creative Cloud をサブスクリプションしていたけれど、今度から職場の Adobe ライセンスを利用できるようになりました！ 2011年にAdobe がサブスク化してから、驚くほど使 […]
個人の OneDrive から職場の OneDrive にデータを移行
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最近職場が変わり、任期なしポストに着任しました。 これからよっぽどの事がない限り職場が変わらない……とゆー意気込みで、この機会に、個人購入していた Office365 を職場の Office365（テニュアは無料！）に完 […]
iphoneでテザリングしてPCをインターネットに接続
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最近、思い切って異動！で、自宅から2時間弱かけて通うようになって……まあ、遠いです💦 往復4時間近くの通勤時間を無駄にはできないので、特急電車で通勤し、移動中も仕事の時間に！ で、そこで重要 […]
【Rトラブルシュート】undefined columns selected
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grepで特定の行を抽出しようとして下記コードを書いたら、 data=c <- Data[grep("Int", Data$ADNC, invert=T)] 下記メッセージ。 Error in `[.data.fr […]
【Rデータ整理】行の抽出：filter
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データフレームから、dplyr::filter()を使って、特定の行を抽出する方法。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubt […]
【Rデータ整理】行の抽出：grep ✕ 正規表現
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データフレームから、grepを使って、特定の行を抽出する方法。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubtype 1 149 L […]
【Rデータ整理】列の抽出：[ ]を使う
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[ ] (square brackets)を使って、各要素にアクセスする方法は、下記参照。 この基本を使って、データフレームの列を抽出する。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Co […]
【Rデータ整理】行や列の抽出：[]を使う
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[ ] (square brackets)を使って、各要素にアクセスする方法は、下記参照。 この基本を使って、データフレームの行や列を抽出する。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID […]
【Rトラブルシュート】Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ℹ Please use `linewidth` instead.
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久しぶりにRで作図していたら、下記メッセージ。 Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ℹ Please use […]
【Rで作図】棒グラフを作る
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以下に示すのは、ggplotを使って、平均値で棒グラフを作る方法。 前準備 パッケージのインストール あらかじめ、必要なパッケージをインストールしておく。 library(tidyverse) library("ggpl […]
【QuPath】複数の画像を並べて表示
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右側のパネルに、画像を複数並べて表示したい場合、 「View」→「Multi-view」→「Wet grid size」を選択すると、色々選択肢が出てくる。 1ｘ1 1ｘ2（横並び） 2ｘ1（縦並び） 2ｘ2 3ｘ3 A […]
【Illustrator】枠内で文章を折り返す
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イラレで学会ポスター作成中。 普通にツールバーから文字ボタン「T」で文章を打つと、改行しないかぎりひたすら右に文章が続いていく。 これを、ある一定の枠内で自動的に折り返してほしい時の備忘録。 枠内で文章を折り返す 普通に […]
【Illustrator】先広がりの、曲線矢印
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私は、こんな感じでどこかから飛び出たような、先広がりの、曲線矢印が好み。 ……なので、この矢印の作り方の備忘録。 曲がった矢印 先広がりの曲線を描く 曲線ツールで四分曲線を描く。 今回、太さは10ptくらいで作製。 線の […]
【Illustrator】ボヤッと切り抜く
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上の画像のように、画像をボヤッと切り抜く方法。 1．クリッピングマスクで切り抜く まずは切り抜きたい画像を用意。 切り抜きはクリッピングマスクで。 shapeで適当な形を選んで、 切り抜きたい画像の "上に" 乗せる。中 […]
【Rデータ整理】R標準パッケージ（base）とstringrパッケージの比較
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Rで文字列操作を行う際に、標準パッケージ（baseパッケージ）やstringrパッケージを使っていることが多いと思う。 私の周囲にはstringrを好む人が多いけれども、実際、どちらを使った方がよいのか、調べてみた。 R […]
【RMarkdownトラブルシュート】knit error: bkm [reaction mix] should only contain alphanumeric characters, “:”, “-” and “_”.
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R Markdownをknitすると、下記エラーが出で止まった。 knit error: bkm [reaction mix] should only contain alphanumeric characters, " […]
【R Markdownトラブルシュート】Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src, markdown_mode)
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R Markdownをkinitしようとしたら、下記エラー。 processing file: xxx.Rmd Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src, markdown […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output.
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とあるR Markdownファイルをdocx形式で出力しようとしたところ、以下のエラーが発生した。 Error: Functions that produce HTML output found in document […]
【RMarkdownトラブルシュート】Knitエラー：the execution halted because of the Error in match.fun(FUN) object ‘spaces’ not found
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Markdownで簡単な表を書いて、 Cont_6h <- c("Cont_6h_1","Cont_6h_2","Cont_6h_3") LPS_6h <- c("LPS_6h_1","LPS_6h_2"," […]
【ImageJ/Fiji】色を変更
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例えば2重染色と核染色の3つの画像を撮影したlifファイルをFijiで開いたとき、各stack画像は全部青に疑似カラーされている。 これだとイメージが湧きにくいので、Color1の色を緑、Color2の色を赤に変更してみ […]