【ImageJ/Fiji】色を変更
例えば2重染色と核染色の3つの画像を撮影したlifファイルをFijiで開いたとき、各stack画像は全部青に疑似カラーされている。 これだとイメージが湧きにくいので、Color1の色を緑、Color2の色を赤に変更してみる。 各Stackイメージの疑似色を変更 Color1を緑にしてみる。 2枚目のStack画像（Color1画像）を選択した状態で、Image -> Lookup Table […]
YEAR
2023年
TMEM106B凝集体はLATE症例にも多く存在していた
TMEM106Bは、後期エンドソーム/リソソームの膜タンパクで、TDP-43プロテイノパチーのリスク多型となる遺伝子の一つでもあり [1]、以前から注目されていました。 特に昨年、FTLD-TDPや、普通のAging脳内にTMDM106B凝集体がたくさん存在していたという事で [2, 3, 4] 、このブログでも3回に渡って詳しく取り上げました。 この論文が出てすぐ、あちこちのラボで「これまでの脳 […]
家族性ADに打ち勝つ遺伝子変異：RELN-COLBOS変異（RELN H3447）
以前、PSEN1-E280A変異という強力な家族性ADの遺伝子変異を持ちながら、70歳まで認知症を発症しなかった、APOE3 R136S変異（Chistchurch変異）の症例 [1] について取り上げましたが、 今回同様に、PSEN1-E280A変異を持っていても67歳まで認知機能正常だった症例について、報告されました [2] 。 家族性ADに打ち勝つ遺伝子変異：RELN-COLBOS (H34 […]
【ImageJ/Fiji】マージして作製したTIFF画像を、目的のカラーで見えるようにする
Fijiで作製したmerge画像をTiffで保存した場合、viewerなどで見ると疑似カラー等が消え、各チャネルがstack画像として保存される。 このままだと目的のmerge画像には見えないので、これはこれで保存しておき、別に目的の色に見えるような画像形式で保存している。 方法はいくつかある。 JPEGにするのも一つの方法だけど、私はRBGカラーでTIFF保存にしている。 目的のカ […]
【Photoshop】色がグレースケールになっていたら
図形を描こうとすると、時々、グレースケールモードになっている時がある。 下は、赤枠を書こうとした場合。 「Image → Mode」で確認すると、ドキュメントのモード設定が「Grayscale」に。 ここをRBGにすればOK。 意図した通りに、赤枠が掛けるようになった。 ※ ただし、設定変更前に書いた図形は埋め込まれてしまうので、Grayscaleの状態で描いた図形を一度消去してから描きなおすべし […]
【Photoshop】矢印を書く
Photoshopのラインアートの先端を矢印にする方法。 ラインアートの先端を矢印にする ツールボックスで「線」を選択する。 上のワークスペースで、歯車模様の設定ボタンをクリック。 「Arrowheads」のところに✓を入れる。 Start：開始地点を矢印にする End：終了地点を矢印にする その下で矢印の太さや長さ、線に対する割合などを設定する。 上の方で、線の太さを設定する。 設定終了後、通常 […]
【ReadCube Papers】Word にアドインする
文献管理ソフトは色々あるけれど、私が気に入っているのは ReadCube Papers。 今回、久しぶりに別 PC の Word に Add in しようとしたらトラブったので、書き留めておくことに。 ReadCube Papers を Word に Add in する 挿入 → アドイン → アドインを取得 検索窓に “readcube” のワードを入れて検索。 校閲タブ […]
Word でスタイル変更すると必ずフリーズするようになった件
最近困っていた事の1つ。 ワードでHeadingなどのスタイルを変更すると、必ずフリーズして先に進めなくなってしまう…… Officeをインストールし直したりしたけど、解決しない。 「他のアプリと競合しているのかな」 と思い、最初に疑ったのが Grammmary。 このアプリ、Twitterなどでもバグを起こすので、いろんな場面でOFFにする必要が出てきていた。 もう、 […]
Googleカレンダー：1スクロールで数ヶ月先に飛んでしまう問題の意外な原因
Google Calendar関係で、以前からちょっとだけ困っていた事の１つ。 「翌月を確認したいな。」 と思ってマウスのホイールを1スクロールすると、何故か3ヶ月ほど先に進んでしまう……。 「いや、まず先に3ヶ月先の方を確認したくなる人って少ないっしょ。」 とつっこみながら、マウスのホイール設定を変更したりしたけど……何故か解決しない。 ホイールを使わず、翌月のところにカーソルをあわせてクリック […]
Global IPアドレスの取得と、ルーターへの割り当て、ルーターのポート変換
先日、アパートで契約しているインターネットプロバイダではポート開放ができない事が判明。 「やっぱ光回線とかに契約しないとかなー。」 と考えたけど、今のネット回線でそこまで不自由していないし、リモート回線のために新たに契約するのもどうかなー、と思い、今の回線でグローバルIPアドレスを取得できるのかどうか、プロバイダにメールで問い合わせてみた。 すると、月々500円程度の追加料金を払うことで、グローバ […]
【Windows】ポートの開放
Windows11ファイアウォールの特定ポート番号の通信を許可する方法。 Win -> firewall と入れ、Windows Defender Firewall with Advanced Security を開く。 左側の欄で “受信の規則（Inbound Role）” を選択し、右側の欄で “新しい規則（New Role）” を選択する […]
【Windows】MACアドレスの確認方法
MACアドレスとは MACアドレスは、Media Access Control Address の略。 ネットワークのつながる全ての機器に割り当てられている識別番号で、イーサネットや無線LANなどに接続されているノードを識別するために利用される。 ネットワーク機器は、MACアドレスを頼りにデータの送り先を決定する。 12桁表示 MACアドレスは、0-9, A-F の16進数・12桁で表される。 前 […]
【Synology】 ファイルをアップロードしてもらう
他の人からデータを送ってもらうとき、 「このデータ送りたいけど、容量が大きすぎて、拒否られちゃうよ。」 と言われた時、NAS にアップロードしてもらうと便利。 Synology にファイルをアップロードしてもらう方法 リンクの作成 QuickConnectにアクセス ウェブブラウザで QuickConnect にアクセスし、 ID と パスワードをいれる。 ファイルステーションを開く。 ̶ […]
【Synology】 他の人とファイルを共有する
スキャナイメージデータなどは容量がものすごく大きくなるので、私は NAS に保存するようにしている。 個人的には、「サブスクリプション不要のクラウド」位置づけ。 で、今回は、NAS のデータを他の人と共有する方法のメモ。 Synology のデータを他の人と共有する ウェブブラウザで QuickConnectにアクセスし、 ID と パスワードをいれる。 ファイルステーションを開く。 […]
【Remote Desktop】リモート接続できる回線かどうか確認する
外部からインターネットを通してリモート接続したい場合、WAN（Internet）側IPアドレスにはグローバルIPアドレスが割り振られる必要がある。 けれども、CATVやマンションなどのインターネットサービスで、割り振られるIPアドレスがプライベートIPアドレス（ローカルIPアドレス）の場合、リモートアクセスはできない。 ……とゆーことで、まず確認が必要なのが、ポートを開放できるインターネット回線な […]
【Remote Desktop】ホストPCがスリープにならないように設定する
リモートデスクトップ等の時、ホストPCがスリープになっちゃうとリモート接続できなくなる。 ……ので、それを防ぐ設定をしておくべし。 スリープにならないように設定する 長時間作業をしていないと、省エネのためにディスプレイ画面の電源が切れ、PCがスリープ状態になるように設定している。 ディスプレイ画面はOFFにしていても問題ないけど、PCがスリープになるとリモートもできない。 なので、ディスプレイは一 […]
【RStudio】Docker で RStudio Server の構築
Hyper-V に Ubuntu 22.04 LTS を入れて RStudio Server を利用していたけど、SSH のところで引っかかって、手元の Laptop PC から繋げなくなったりした。 ネット上のトラブルシューティングは色々試してみたけど、後一歩 work せず、「これを使うにはちょっと知識不足だなー。」と感じて一旦リセット。ネットワークエンジニアリング的な事を調べる事自体は楽しい […]
【Ubuntu】Ubuntu Desktop版での固定IPアドレスの設定
先日、Ubuntu 22.04 LTS で固定IPアドレスの設定を行ったけれど、 私が使用している Ubuntu Desktop版ではGUIベースでもっと簡単に設定できることがわかった……ので、せっかくなのでメモっておく。 Ubuntu Desktop版での固定IPアドレスの設定の仕方 画面右上にあるマークにカーソルをあわせて右クリック。”Settings” を選択。 &# […]
【Ubuntu】固定IPアドレスの設定
今使用している Ubuntu 20.04 LTS のデスクトップ版で固定IPアドレスを設定する方法。 Ubuntu デスクトップは、デフォルトでDHCPサーバーから取得したIPアドレスが自動設定されるため、再起動すると別のIPアドレスに変わることもある。 クライアントPCでUbuntuのIPアドレスを接続先として設定している場合、Ubuntu起動する度のIPアドレスを確認し、設定を更新する必要性が […]
【Ubuntu】`gateway4` has been deprecated, use default routes instead.
Ubuntu 22.04 LTS で固定IPアドレスを設定しようとした時、gateway4に対して下記警告が。 ** (generate:XXXX) WARNING ** XX:XX:XX.XXX:`gateway4` has been deprecated, use default routes instead. See the 'Default routes' section of the d […]
【Windows Security】認証情報（credentials）が通らない時
リモート接続する時、 下記表示が出て、正しいはずのユーザー名とパスワードを入力してもブロックされた。 で、困って色々試行錯誤した時のメモ。 Credentials Manager を再設定 時々、ネットワークが reboot されたり、ログアウトしたりした場合に、Credential Manager がリセットされて空欄になるので、credentials が合わず、ブロックされることになる。 その […]
【windows】PINGコマンドでネットワークの疎通を確認する
リモート接続がうまくいかない場合、まずはPINGコマンドでネットワークの疎通を確認してみる。 PING コマンドとは PING コマンドは、ping と呼ばれる TCP/IPにおける基本プログラムで、通信相手までネットワークが接続できているか、または通信相手が通信できる状態であるかを確認できる。 PING コマンドの使用 Win + R -> “cmd” でコマンドプ […]
【Photoshop】クリッピングマスクをつかって特定の場所をぼかす
個人情報などをぼかす時、Blurツールを使って手動でやってたけど、 なかなか手間。 クリッピングマスクを使ってBlurを作った方が時短になるし綺麗にできたので、今回はその方法の覚書。 クリッピングマスクでぼかす方法 今回は、下記画像の適当な部分3箇所程をぼかしてみる。 1. ぼかしたい部分を設定 ぼかしたい部分に “塗り” のボックスを作る 中が塗られてさえいれば、色は何色 […]
【Ubuntu】特定のポートを開放
Ubuntu で、現在のポートの状態を確認するコードは、 ufw status。 $sudo ufw status Status: active To Action From -- ------ ---- 22/tcp DENY Anywhere 22/tcp (v6) DENY Anywhere 少し前に22のポートを閉じていたので、現在のActionはDENYになっている。 これを開放するとき […]
【Windows】IPアドレスの固定と特定のポートを開放
リモートアクセスなどで、特定のポートのみファイアウォールでブロックされないようにする方法。 使用している OS は Windows 11。 IP アドレスの固定 一般的に使用している IP アドレスは、通常ルーターによって PC を再起動する度に新しく割り振られている。 ……ので、取得したIPアドレスが変更されないよう固定しておく必要がある。 IPアドレスの固定は、「コントロールパネル > […]
【SSHトラブルシュート】permission denied
/etc/ssh/sshd_configで SSH の設定ファイルを開こうとしたら、拒否された。 /etc/ssh/sshd_config: Permission denied 原因によって、いくつかトラブルシュートの方法はあるようだが、今回は、下記を参考にし、 認証 (authentication) を enable にしたら解決できた。 sudo nano /etc/ssh/sshd_conf […]
【Dockerトラブルシュート】Error: unable to delete image (cannot be forced) – image is being used by running container
Docker のイメージ harpooncorp/harpoon-ext を削除しようとしたら、”Delete the container that’s using it and try again” という警告が出てきて、削除できなかった。 ……なので、次はコマンドプロンプトから削除を試みた。 Docker image の削除 イメージIDを確認 まずはcmd […]
【Rベーシック】[ ] (square brackets) を使って各要素にアクセスする
Vector、Matrix、DataFrame、List etc. から [] (square brackets) を使って特定の要素へアクセスする方法。 ベクトル (Vector) の場合 Vectorを作る。 v <- c("a","b","c","d","e") v output [1] "a" "b" "c" "d" "e" このVectorの場合、左から1,2,3,4,5となる。 […]
【Windows】IPアドレスの確認方法／サブネットマスク／デフォルトゲートウェイ
Linux で IP アドレスを確認する方法をメモったので、 ついでにWindowsのも書き留めておく。 コマンドプロンプトを使ってIPアドレスの情報を取得 Win + R で “Run” ウィンドウを開く。 検索欄に “cmd” と入れて、コマンドプロンプトを開く。 Win キーのみで、検索欄に command prompt (もしくは cmd) […]
【Linux】IP address の確認方法
Linux で IP アドレスを確認する方法。 私は Ubuntu 22.04 LTS を使用している。 以前は ifconfig が使えてたけど、Ubuntu 18 Ver.以降はデフォルトでは使えなくなっているよう。 で、どうするかというと、 ipコマンドを使う。 IP コマンドで IP アドレス情報を取得する 試しに ip address (ip a)と入れてみる (a は […]
NASの設定 (Synology)
研究室に戻ってきて、少しずつセットアップを進めつつある今日この頃。 今日は、イメージデータ保存のためのNASのセットアップを行った……ので、せっかくなので備忘録。 Network-Attached Storage (NAS) とは Network-Attached Storage (NAS) は、LAN に接続して利用する外付けHDDのこと。 通常の外付けHDDとの違い 通常の外付けHDDは、PC […]
【Synology】 ユーザーIDとパスワードをリセット
帰国後、以前セッティングしていた Synology NAS のユーザーIDとパスワードを忘れてしまっていて、さらにどこにもメモっていなかった……orz。 ……このままでは前に進めないので、下記方法でリセットした。 Synology NAS をリセット 1. Synology 本体の後ろにあるリセットボタンを、細長い棒 (クリップの先等) で長押し。 2. 「ビーッ」と音がなるので、ボタンを離す。 […]
【Synology】 インターネット経由でDSMのセッティングができなかった件
帰国後、ラボで Synology のセッティングをしようとしたけど、ブラウザのアドレスバーに「find.synology.com」と入れても、 LAN内にあるはずのSynology DS218j を認識してくれなかった。 ブラウザにIPアドレスを入れてアクセスしようとしたけど、Synology DiskStationのユーザー名とPWを忘れてしまっていて、アクセスできない……。 とりあえず Syn […]
【Synology】DSM のアップグレード
帰国後、Synology のセットアップ中。 久しぶりに Synology のアカウントを開いたら、DSM のバージョンが古かったのでアップデートした。 DSM のアップグレード：コントールパネルから コントロールパネルを開き、 System → Update & Restore を選択。 DSM 7.0 が available になっているので、”Update” […]
仮想マシンの保存場所を変更する
先日、Hyper-V で仮想マシンを作成したけど、保存場所の初期設定が 構成ファイル：C:¥ProgramData¥Microsoft¥Windows¥Hyper-V フォルダ内 仮想ハードディスク：C:¥Users¥Public¥Documents¥Hyper-V¥Virtual hard disks フォルダ内 の状態にしていた。 私はCドライブは起動系やプログラムファイルのみに […]
Hyper-V仮想マシンにUbuntu22.04を入れる
RStudio Server を利用したくなったけれども、RStudio Server で必要な OS は Linux。 なので、仮想マシンに Linux distributions の何かを入れて、そこに RStudio Server をインストールする必要がある。 とゆーことで、今回はHyper-Vの仮想マシンに Ubuntu22 をインストールしたときの備忘録。 ローカルで仮想環境を構築する […]