【R Markdown】コードを隠す
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例えば、R Markdownで簡単な表を作った場合、 ```{r} df_6h <- data.frame("1"=c("Cont_6h_1","LPS_6h_1"), "2"=c("Cont_6h_2","LPS […]
「R Markdown」の記事一覧
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: permission denied (Permission denied)
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前回、"openBinaryFile: invalid argument" の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission deni […]
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
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通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） […]
【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
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３行目をcolnamesにする前に "for" を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2) […]
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
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RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference […]
【R Markdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
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RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプト […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
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RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
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RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
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先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
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RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ […]
【R Markdown】Figureサイズの設定方法
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R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_ […]
【R Markdown】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
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先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argum […]
【R Markdown】アウトラインの表示
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ドキュメントの中身が長くなってくると、ほしいコードや文書がどこにあるかわかりにくくなる。 そんな時、ドキュメントのアウトラインを表示しておくと、内容を整理しやすいし、目的の場所にすぐジャンプすることができて便利。 アウト […]
【R Markdown】R Markdown の使い方色々
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R Markdownとは、RとMarkdownが結合されたもので、文章の表示とRの実行が同時にできる事が魅力の1つ。 R Markdownでは文章の中にコマンドを同梱できるため、ファイルが複数に散逸せず、整理しやすいとい […]
【R Markdown】現在の日時を記入：Sys.Date(), Sys.time()
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R Markdown で新規作成すると、ヘッダに日付が入力されるが、それを「現在の日時」にする方法。 現在の日付を記入: Sys.Date() Sys.Date() で、現在の日付を挿入できる。 私が設定している方法は下 […]
【R Markdown】cache オプションと無効化の方法
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R Markdown で使用するチャンクには、 {r チャンク名} でチャンク名をつける事ができます。 ほとんどの場合、チャンク名をつけなくても問題はないのですが、 cache オプションをつけるときには、チャンク名が重 […]