QuPath-logo-1

QuPath でスキャナイメージを観察する方法 (基本)。

スキャナ画像のインポート

画面左側にある "Create project" をクリックすると、

QuPath-import-1

フォルダーの作成が要求される。

QuPath-import-2

プロジェクトを作成したい場所に新規フォルダを作成し、名前をつける。

プロジェクトフォルダができると、そこに、撮影済みのスキャナ画像の構成済みファイルをドラッグ＆ドロップで入れ込む。

(再構成画像ファイルと、生データは、同じフォルダに入れておく。)

QuPath-import-3

下記画面が出てくるので、自分の画像の種類に合わせて設定をし、"Import" をクリック。

QuPath-import-4
  • Image provider ← 基本は Default でOK。
    • Default (let QuPath decide)
    • Bio-Formats builder
    • ImageJ builder
    • OpenSlide builder
    • JSON sever builder
  • Set image type
    • Brightfield (H-DAB)：明視野 (DABとヘマトキシリンで染色)
    • Brightfield (H&E)：明視野 (HE染色)
    • Brightfield (other)：明視野 (その他)
    • Fluorescence: 蛍光染色
    • Other: その他
    • Not set: 設定なし
  • Rotate image
    • No rotation: 回転なし
    • Rotate 90: 90°回転
    • Rotate 180: 180°回転
    • Rotate 270: 279°回転

すると、画像がインポートされる。

QuPath-import-5
※ Qupath projectでは、画像ファイルへのパスを使用するだけ

ここで取り込んだデータは、画像ファイルへのパスを示しているのみで、インポートした画像がprojectフォルダ内にコピーされるわけではない。

なので、画像ファイルの場所を移動すると、QuPathでは開けなくなるので注意。

 

画像ファイルを移動した場合は、projectを開く際に、「Update URIs」ウィンドウが立ち上がるので、赤字の箇所をダブルクリックしてファイルパスを指定しなおせばOK。

拡大/縮小しながらスキャナ画像を観察

見たい画像をクリックし、画面上の任意の場所でマウスのスクロールを上下すると、拡大/縮小して観察する事ができる。

QuPath-import-6