抗体のエピトープマップのホモロジーを調べる時。
例えば、以下の抗体。ヒトの抗体しかないので、マウスに使えるか、相同性を確認してみる。
免疫原：Recombinant fragment corresponding to Human ATP13A5 aa 537-629.Sequence: ILLNGTIQGDPLDLKMFEGTAWKMEDCIVDSCKFGTSVSNIIKPGPKASK SPVEAIITLCQFPFSSSLQRMSVIAQLAGENHFHVYMKGAPEM
マウスの配列を調べる
よく使っているのは、「e!nsemble」。
Ensembl is a genome browser for vertebrate genomes that supports research in comparative genomics, evolution, sequence variation and transcriptional regulation. Ensembl annotate genes, computes multiple alignments, predicts regulatory function and collects disease data. Ensembl tools include BLAST, BLAT, BioMart and the Variant Effect Predictor (VEP) for all supported species.
「Search」欄に「Mouse」「検索したい遺伝子」を入力し、「Go」
左側のタブで、
- Restrict category to: 「Transcript」
- Restict strain to: 「目的のマウス種」
を選択すると、
右側に候補のTranscriptが現れる。
この内のひとつを選択（だいたい201を選択すればOK）。
次に現れたページ。左側のタブで
- Sequence: 「Protein」
を選択すると、
右側に蛋白の配列が現れる。
……この配列をコピー。
ホモロジーチェック
よく使うのは「CLUSTALW」。
Enter your sequences (with labels) below (copy & paste): PROTEIN DNA Support Formats: FASTA (Pearson), NBRF/PIR, EMBL/Swiss Prot, GDE, CLUSTAL, and GCG/MSF
トップページで、
- General Setting Parameters: 「CLUSTAL」
- Pairwise Alignment: 「SLOW/ACCURATE」
- Enter your sequences below: 「PROTEIN」
を選択し、シークエンスの欄に、それぞれのシークエンスを入れる。
「Execute Multiple Alignment」をクリックして実行。
次のページに、「CLUSTALW Result」が現れる。
相同性は77％。
実際の相同性は下でチェック。
それぞれの記号の見方は以下の通り。
| 記号 | 意味 |
| * | すべての遺伝子（蛋白質）で同一（保存されている） |
| : | アミノ酸の性質が同じである |
| . | アミノ酸の性質が似ている |
| 無印 | 保存されていない |
| - | 対応するアミノ酸が無い |
