【Rデータ整理】重複する列を削除：distinct
下記のようなデータがあって、 “Deceased” が “True” と “False” と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか count(group_by()) で求めると、 Dat1 <- read_xlsx("./Data/test.xlsx") %>% rename(OldestCDR = ' […]
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2022年9月
【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
例えば、下記のようなデータがあって、 “Deceased” が “True” と “False” と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか知りたい時。 count(group_by()) で求める。 Dat1 <- read_xlsx("./Data/test.xlsx") %>% rename(Olde […]
【ImageJ/Fiji】イメージサイズ（解像度）を変更
コントラストの変更、切り抜きを行った後に、イメージサイズを変更する。 イメージサイズの変更 スタート時点でのイメージサイズは、200 px ✕ 200 px。 これをサイズダウンしてみる。 Image > Adjust > Size 目的のイメージサイズになるように、Width (px) と Height (px) を設定する。 今回は、300 dpi で 0.5 inch の大きさに […]
【Rで作図】グラフの背景を変更する
下のようなグラフがあって、この背景を変更したいとき。 themeで変更する。 グラフの背景の変更 白 theme_classic() グレー＋格子（白） theme_gray() 白＋格子（グレー） theme_bw() 白＋格子（黒） theme_linedraw() 白＋格子（薄墨） theme_light() ダークグレー＋格子 theme_dark() 白＋格子（外枠なし） theme_m […]
【Rで作図】レジェンドのタイトルを消す
ggplot2でグラフを作っていて、「レジェンドは要るけど、レジェンドタイトルは消したいな」と思って消した時の備忘録。 使う関数は「theme」のlegend.title = element_blank。 theme(legend.title = element_blank()) 無事に消えた。 全体のコードは下記。 ggplot(Data2, aes(x = Age, y = `XX posit […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、縦と横のアスペクト比が１：１になるように。） 画像の切り取り 選択できたら、Image > Crop (Ctrl + Shift + X) で切り取り。 切り取られた画像は、35. […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は、cziファイル。撮影は16bitで撮影し、16bitのまま編集、最後にRGBに置換してtifで保存する。） 最初のディスプレイは何もチェックせず、”OK” […]
【Rで作図】facet のタイトルのフォントサイズを変更
グラフを作っていて、「Facetのタイトルのフォントサイズを変更したい」と思って消した時の備忘録。 themeに”strip.text = element_text(size = ○○)”でサイズを指定すればOK。 theme(strip.text = element_text(size = 20)) size=20で追加してみたら、フォントサイズが大きくなった。 &nbs […]
【Photoshop】矢印つきのラインを描く
この間、フォトショで矢印ラインの描き方を忘れていたので備忘録。 １．ツールバーでラインを選択。 ２．画面上に出てくるオプションツール（なければ、Window → Option で表示させる。）で、ラインが選択されていることを確認し、右の歯車マークを選択。 ３．”Arrowheads” で、始点もしくは終点（あるいは両方）にチェックを入れ、下のオプションで太さや長さなどを調 […]
【Rで作図】レジェンドを消す
グラフを作っていて、「レジェンド要らないな」と思って消した時の備忘録。 方法はいくつかあるけど、使い勝手が良かったのは、themeに “legend.position = “none”を追加する方法。 theme(legend.position = "none") これで、レジェンドが消えて、その分グラフの専有面積が水平方向に拡大した。 全体の […]